将lmer的预测值绘制为单个图

Question

我正在研究多级模型中的预测值(使用lme4包).我能够使用该Effect()功能成功完成此操作.如下所示:

library(lme4)
library(effects)
m1=lmer(price~depth*cut+(1|cut),diamonds)
plot(Effect(c("cut","depth"),m1))

但是,我想将这些相同的数据作为带有图例的单个图表呈现.使用ggplots,我可以做到这一点; 但是,我丢失了错误条,如下所示:

ggplot(data.frame(Effect(c("cut","depth"),m1)),
       aes(x=depth,y=fit,color=cut,group=cut))+
  geom_line()

如何将第一个绘图(带有误差条)重新创建为单个绘图？

Answer 1

怎么样:

library(effects)
library(lme4)
library(ggplot2)
m1 <- lmer(price~depth*cut+(1|cut),diamonds)

顺便说一句,请注意这个特定模型没有意义(因素包括固定和随机术语)!我希望你只是用它作为插图......

ee <- Effect(c("cut","depth"),m1) 

关键是as.data.frame()用来将效果对象变成有用的东西......

theme_set(theme_bw())
ggplot(as.data.frame(ee),
       aes(depth,fit,colour=cut,fill=cut))+
    geom_line()+
     ## colour=NA suppresses edges of the ribbon
    geom_ribbon(colour=NA,alpha=0.1,
                            aes(ymin=lower,ymax=upper))+
     ## add rug plot based on original data
        geom_rug(data=ee$data,aes(y=NULL),sides="b")