如何在系统发育树中显示分支的长度

Question

在这里,我有代码从newick格式绘制简单的系统发育树:

library(ape)
t<-read.tree(text="(F:4,(  (D:2,E:2):1,(C:2,(B:1,A:1):1):1):1);")
plot(t,use.egde.length=TRUE)

我正在"显示"正确长度的分支,但我希望所有分支都有labal.

编辑:我希望我的情节看起来像这样: 我正在搜索文档,但我找不到方法来显示R中的分支长度.我怎么能这样做？

Answer 1

您可以通过提取边长和使用来实现edgelabels().

# Load package
library(ape)

# Create data
t <- read.tree(text="(F:4,((D:2,E:2):1,(C:2,(B:1,A:1):1):1):1);")
plot(t)
edgelabels(t$edge.length, bg="black", col="white", font=2)