ggplot2中的PCA图:改变点颜色并改变点周围的框架/椭圆的颜色

Question

我想首先说我是R的新手用户,特别是本网站的用户,所以如果有必要在此澄清任何内容,请告诉我!我还不太了解一切,所以请尽可能"愚蠢".

问题:我想创建描绘两组(在本例中为物种)的PCA图.我还想在它们周围绘制椭圆或框架.

谢天谢地,我已经使用ggplot2完成了这项任务!但是,我无法更改超出默认值的点或椭圆/帧的颜色.

你能就此事提供一些帮助吗？

请参阅下面的示例代码,它只是PCA示例中经常使用的传统虹膜数据集.

###load in plackages###
library(ggbiplot)
library(ggfortify)
library(cluster)

#my actual data is very similar to the iris data, though in my data the     "Species" column is first
head(iris)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa
df <- iris[c(1, 2, 3, 4)]
autoplot(prcomp(df))
autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species') #pca graph with   species depicted in different colors

不同颜色的物种的PCA图

autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species', shape='Species', frame=T) 

带有框架的PCA图形

Answer 1

我做了同样的PCA

data<-iris
df<-iris[c(1, 2, 3, 4)]
PC<-prcomp(df)
PCi<-data.frame(PC$x,Species=data$Species)

现在,您可以ggplot像往常一样进行正常绘图和更改参数

ggplot(PCi,aes(x=PC1,y=PC2,col=Species))+
   geom_point(size=3,alpha=0.5)+ #Size and alpha just for fun
   scale_color_manual(values = c("#FF1BB3","#A7FF5B","#99554D"))+ #your colors here
   theme_classic()

另外,检查scale_fill_manual框架

编辑

我认为添加一个框架应该更容易,请点击这里https://stats.stackexchange.com/questions/22805/how-to-draw-neat-polygons-around-scatterplot-regions-in-ggplot2
和这里 ggplot2:geom_polygon没有填充

另外,我仍然认为,ggbiplot应该处理scale_color_manual与scale_fill_manual,你可以更新你的问题失败了？