在 Anaconda Jupyter notebook 中为 RKernel 指定 R 库路径

Question

首先让我先声明一下，我是 R 的新手，但我是 Python 的长期高级用户。鉴于我喜欢 conda 生态系统和 Jupyter notebook，我也在尝试将它们设置为我的 R 开发环境。

因此，使用以下说明：https : //www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r 我已经设置了一个 Jupyter Notbook，它使用 RKernel 来安装 RKernel Anaconda 文件夹（无论如何我都会这么想）。

设置它很容易，而且一切都适用于标准 R 的东西，但我的分析需要一些 R 库，这些库在 r-essentials 频道中不可用。没问题，我想我知道如何安装 R 库。我转到“C:\Anaconda\R\bin\x64\Rgui.exe”并安装 rgdal、dismo 和其他一些软件包。为了检查我的工作，我查看了 C:\Anaconda\R\library，它们就在那里。

但是当我从 Anaconda 命令提示符运行 jupyter notebook 时。并启动一个新的 R 笔记本，我收到“库中的错误（dismo）：没有名为‘dismo’的包”等一下，我从笔记本运行了一个“.libPaths（）”，它看起来像它的指向

Answer 1

您可以.libPaths('path_where_your_packages_are')在笔记本的开头添加一个代码单元格，以告诉 jupyter 您的包在哪里。对我来说是.libPaths('~/R/win-library/3.2')（来自在 github 上提交此问题的disnerd 的解决方法）。

要找出包的路径，只需在 R 中安装一个随机包并等待位置打印到控制台。

更多详细信息（可能特定于我的系统/安装）：.libPaths()在 R 中运行时，我得到了 2 个位置：一个需要管理员权限进行写入，另一个不需要管理员权限进行写入。虽然通过 R 安装的软件包位于不需要管理员权限的位置，但 jupyter 会查看需要管理员权限的位置。