Networkx：如何从csv文件创建图形边缘？

Question

我正在尝试使用networkx创建图，到目前为止，我已经从以下文本文件创建了节点：文件1（user_id.txt）样本数据：

user_000001
user_000002
user_000003
user_000004
user_000005
user_000006
user_000007

文件2（user_country.txt）样本数据：如果用户未输入其国家/地区详细信息，也将包含少量空白行

 Japan
 Peru
 United States

 Bulgaria
 Russian Federation
 United States

文件3（user_agegroup.txt）数据：包含四个年龄段

 [12-18],[19-25],[26-32],[33-39]

我还有另外两个文件，其中包含以下示例数据，用于在图形中添加边

文件4（id，agegroup.txt）

user_000001,[19-25]
user_000002,[19-25]
user_000003,[33-39]
user_000004,[19-25]
user_000005,[19-25]
user_000006,[19-25]
user_000007,[26-32]

文件5（id，country.txt）

(user_000001,Japan)
(user_000002,Peru)
(user_000003,United States)
(user_000004,)
(user_000005,Bulgaria)
(user_000006,Russian Federation)
(user_000007,United States)

到目前为止，我已经编写了以下代码来绘制仅包含节点的图形：（请检查代码，因为print g.number_of_nodes() 尽管print g.nodes()显示了正确的节点数，但从不打印正确的节点数。）

import csv
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
g=nx.Graph()

#extract and add AGE_GROUP nodes in graph
f1 = csv.reader(open("user_agegroup.txt","rb"))
for row in f1: 
    g.add_nodes_from(row)
    nx.draw_circular(g,node_color='blue')

#extract and add COUNTRY nodes in graph
f2 = csv.reader(open('user_country.txt','rb'))
for row in f2:
    g.add_nodes_from(row) 
    nx.draw_circular(g,node_color='red')

#extract and add USER_ID nodes in graph
f3 = csv.reader(open('user_id.txt','rb'))
for row in f3:
    g.add_nodes_from(row)
    nx.draw_random(g,node_color='yellow')

print g.nodes()
plt.savefig("path.png")
print g.number_of_nodes()
plt.show()

除此之外，我不知道如何从file4和file5添加边。对此代码的任何帮助将不胜感激。谢谢。

Answer 1

为了简单起见，我在 user_id.txt 和 id,country.txt 文件中创建了用户 ID [1,2,3,4,5,6,7]。您的代码中存在一些问题：

1-首先向图表添加一些节点（例如从 user_id.txt 文件），然后绘制它，然后从另一个文件向图表添加一些其他节点，然后在同一个图上再次重新绘制整个图表。所以，最后你在一张图中就有了很多图。

2-您使用了draw_circular方法绘制了两次，这就是为什么蓝色节点从未出现，因为它们被“红色”节点覆盖。

我对你的代码做了一些更改，最终只绘制一次。为了用所需的颜色绘制节点，我在添加节点时添加了一个名为颜色的属性。然后我使用这个属性构建一个颜色图，并将其发送给draw_networkx函数。最后，由于 id,country.txt 中的空字段，添加边有点棘手，因此我必须在创建图之前删除空节点。这是代码和随后出现的图。

G=nx.Graph()

#extract and add AGE_GROUP nodes in graph
f1 = csv.reader(open("user_agegroup.txt","rb"))
for row in f1: 
    G.add_nodes_from(row, color = 'blue')

#extract and add COUNTRY nodes in graph
f2 = csv.reader(open('user_country.txt','rb'))
for row in f2:
    G.add_nodes_from(row, color = 'red') 

#extract and add USER_ID nodes in graph
f3 = csv.reader(open('user_id.txt','rb'))
for row in f3:
    G.add_nodes_from(row, color = 'yellow')

f4 = csv.reader(open('id,agegroup.txt','rb'))
for row in f4:
    if len(row) == 2 : # add an edge only if both values are provided
        G.add_edge(row[0],row[1])

f5 = csv.reader(open('id,country.txt','rb'))

for row in f5:
    if len(row) == 2 : # add an edge only if both values are provided
        G.add_edge(row[0],row[1])
# Remove empty nodes
for n in G.nodes():
    if n == '':
        G.remove_node(n)
# color nodes according to their color attribute
color_map = []
for n in G.nodes():
    color_map.append(G.node[n]['color'])
nx.draw_networkx(G, node_color = color_map, with_labels = True, node_size = 500)

plt.savefig("path.png")

plt.show()