在Docker Alpine上安装numpy

Question

我正在尝试在基于Alpine 3.1的docker容器中安装numpy.我正在使用以下Dockerfile:

FROM alpine:3.1
RUN apk add --update make cmake gcc g++ gfortran
RUN apk add --update python py-pip python-dev
RUN pip install cython
RUN pip install numpy

这运行正常,直到pip install numpy我收到以下错误:

error: Command "gcc -fno-strict-aliasing -Os -fomit-frame-pointer -DNDEBUG -Os -fomit-frame-pointer -fPIC -Inumpy/core/include -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/include/numpy -Inumpy/core/src/private -Inumpy/core/src -Inumpy/core -Inumpy/core/src/npymath -Inumpy/core/src/multiarray -Inumpy/core/src/umath -Inumpy/core/src/npysort -I/usr/include/python2.7 -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -c build/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/npymath/ieee754.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/build/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/npymath/ieee754.o" failed with exit status 1

easy_install-2.7 numpy 给出了同样的错误.

我缺少任何配置/安装步骤吗？

Answer 1

我自己一直遇到一些麻烦,长话短说,我会鼓励你问这是否真的值得麻烦.当你开始在堆栈中添加像pandas,gpus和scipy这样的东西时Numpy是巨大的,所以在高山上构建它的好处是有限的,当你的500GB空间开启时,使用Debian,Arch甚至Ubuntu的节省相对适中无论如何这个图书馆.

话虽如此,我把一张图片拼凑起来.我需要构建时依赖项musl-dev,linux-headers和g ++.我还需要从堆栈中添加openblas以便稍后在堆栈中添加某些内容,因此可能还需要一些依赖项.但我相信只需添加三个以前的库

apk --no-cache add musl-dev linux-headers g++

应该足以防止你得到的gcc错误.您可以在https://hub.docker.com/r/o76923/alpine-numpy-stack/查看图像

Answer 2

如果你没有必要需要安装numpy的pypi,你可以从高山仓库安装它.包已命名py-numpy并位于testing存储库中,请参见此处.最Dockerfile适合我的例子

FROM alpine:3.2
ADD repositories /etc/apk/repositories
RUN apk add --update python python-dev gfortran py-pip build-base py-numpy@community

repositories文件内容

http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.2/main
@community http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/edge/community

Answer 3

根据我的数据，这个大约是 311MB docker images：

FROM python:3.6-alpine
RUN apk add g++ 
RUN pip install numpy

（同时python:3.6本身约为 900MB）

您是否尝试过不安装 gcc？可能有冲突吧？没有把握。这对我来说是一个最小的 numpy 安装并想分享。

Answer 4

现在在 Alpine 存储库中提供了一个包：py3-numpy. 但是您将无法立即使用它。

py3-numpy将库安装到/usr/lib/python3.8/site-packages目录中，但默认的 Python 模块路径不使用它：

$ docker run -it python:3.8-alpine sh
/ # apk add --update --no-cache py3-numpy
/ # python
>>> import numpy
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'numpy'
>>> import sys
>>> sys.path
['', '/usr/local/lib/python38.zip', '/usr/local/lib/python3.8', '/usr/local/lib/python3.8/lib-dynload', '/usr/local/lib/python3.8/site-packages']

这可以通过将$PYTHONPATH环境变量设置为site-packagesin的路径来解决/usr/lib：

FROM python:3.8-alpine

RUN apk add --update --no-cache py3-numpy
ENV PYTHONPATH=/usr/lib/python3.8/site-packages

Answer 5

Alpine 使用 musl 构建，与 python 轮子不兼容。这意味着所有依赖项要么应该通过 apk 安装，要么应该手动编译。为了获得更流畅的 python pypi 依赖项体验，使用 debian 看起来更理想，裁剪到最小大小 (python:slim) 作为起点：

FROM python:slim
CMD pip install numpy

123MB

这种方法比接受的答案简单得多，并且生成的图像比其他答案更紧凑。