大家!我正在尝试安装Bioconductor软件包"cummeRbund"并且经常失败.我已经尝试
biocLite("cummeRbund")启用BiocInstaller的命令,install.packages("cummeRbund")以及它们与指定库地址的变体.结果总是如此
"Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl, :
'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable"
并且r一直让我使用个人目录.我该怎么做才能摆脱这个讨厌的问题("cummeRbund"不是唯一一个无法安装的软件包)？
我的规格:Ubuntu 14.04 LTS 64位,R版本3.2.2(2015-08-14) - "Fire Safety",Bioconductor 3.2版(BiocInstaller 1.20.0)
R的默认库路径对于当前用户不可写是很常见的。这通常意味着R由其他用户安装。这本身不是问题。只需将R配置为使用其他库路径。
为此，请将以下行放入用户的R配置（~/.Rprofile文件-有关配置应驻留的位置的更多信息，请阅读R启动指南）：
.libPaths('path/to/your/r-libraries')
例如，您可以使用path '~/.R/libs'。然后重新启动您的R会话。现在，您可以在本地目录中安装并使用库。
另一个解决方案（我个人比较喜欢，但是许多系统默认情况下处理方式不同）是为每个用户分别安装软件。在非共享系统上，这尤其有意义。大多数软件包管理器都支持为本地用户安装软件，而没有超级用户权限。特别是，默认情况下，Homebrew会这样做，强烈建议您不要使用它sudo来安装软件。