在使用RcppArmadillo时,无法使用devtools构建R包

Question

这是我的第一个stackoverflow问题,所以请善待,伙计们!

我非常喜欢我最近发现的使用devtools构建R包的能力.但是,一旦我尝试构建一个使用RcppArmadillo的包,我运行devtools :: document(),devtools :: check()和devtools :: build()的工作流程就不再有效了.

例如,我有一个(希望非常简单+完整)测试版本的软件包我试图在这里开发:https://github.com/suztolwinskiward/fooR/.fooR只包含一个函数,它是fields包中rdist.earth函数的C++实现.

运行devtools :: document("fooR")会抛出大量的消息(有些消息指向不存在于我的源代码中的变量的"未定义引用",这些变量对我来说是不可解释的,然后失败:

    collect2: ld returned 1 exit status
    no DLL was created
    ERROR: compilation failed for package 'fooR'
    * removing 'C:/Users/I53794/AppData/Local/Temp/RtmpWgC8nD/devtools_install_1ea473123086/fooR'
    Error: Command failed (1)

另一方面,当我获取依赖于RcppArmadillo的C++函数时,它似乎运行得很好:

> Rcpp::sourceCpp('./src/rdist_earth_cpp.cpp')
> data('miami')
> data('new_orleans','katrina_path')
> rdist_earth_cpp(katrina_path,new_orleans)
            [,1]
 [1,] 1042.36073
 [2,]  998.96793
 [3,]  957.69315
 [4,]  917.91486
 [5,]  868.07791
 [6,]  805.73485
 [7,]  763.01476
 [8,]  726.10133
 [9,]  692.14482
[10,]  670.15133
[11,]  662.23353
[12,]  625.55592
[13,]  601.08682
[14,]  579.73940
[15,]  560.32660
[16,]  539.14192
[17,]  510.15438
[18,]  481.40037
[19,]  442.52322
[20,]  391.96619
[21,]  331.66378
[22,]  271.79088
[23,]  201.24749
[24,]  128.12647
[25,]   56.99198
[26,]   45.80297
[27,]   32.96609
[28,]   81.71237
[29,]  189.31050
[30,]  296.92104
[31,]  406.12593
[32,]  516.08458
[33,]  654.81113
[34,]  808.21670

这让我觉得我试图在我的包中使用RcppArmadillo的方式有问题,但我无法弄清楚是什么.任何建议非常感谢!

PS我很惊讶这里没有RcppArmadillo标签....

Answer 1

除了 jtilly 的回答和 Dirk 的评论：

RcppArmadillo.package.skeleton()生成正确的命名空间文件，但通过document()命名空间运行 roxygen2 后只包含一行

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

并且 DynLib/export 指令被覆盖。要让 roxygen2 自动生成正确的命名空间，请在包目录的 R 子目录中添加一个新的 R 文件，其中包含以下内容：

#' @useDynLib YourPackageName
#' @importFrom Rcpp evalCpp
#' @exportPattern "^[[:alpha:]]+"
NULL

该文件的名称无关紧要，但YourPackageName.r对于这种（某种）“主文件”来说很常见。

运行“document()”时，会生成以下命名空间文件：

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

exportPattern("^[[:alpha:]]+")
importFrom(Rcpp,evalCpp)
useDynLib(YourPackageName)

这与RcppArmadillo.package.skeleton()由 RcppArmadillo 0.6.700.6.0生成的命名空间相同。