创建循环流程图(circos)

Question

我正在寻找一个应用程序来创建图片中的图表.我一直在使用gephi并尝试使用circos.Gephi仍然处于测试阶段,并且为了获得图表,circos需要大量配置.我正在寻找一些更容易的东西,可以将csv文件转换成这样的图表.

Answer 1

在 Python 中，您可以使用

1. CircosPlot来自nxviz（曾经是circos）。这是由Eric Ma在 Matplotlib 之上开发的。请注意，文档似乎很少，但由于 Eric 没有为此付费（并且是一名博士生），我相信他会感谢帮助改进文档。
2. ChordBokeh提供的看起来很棒，但我不确定调整它的显示方式有多简单（请注意，该box_zoom工具会产生视觉失真，请通过使用 kwarg指定绘图工具来关闭它tools='pan,wheel_soom,save,reset'）
3. 情节地

在 R 中，您可以使用

1. chordDiagram从circlize包
2. chorddiag从chorddiag包