R中的可折叠树

Question

我对这篇关于R中可折叠树的文章感兴趣

http://bl.ocks.org/mbostock/4339083

我试图使用像这样的玩具数据集重现相同的例子

ID      Car Bus Train   Feedback_Car    Feedback_Bus    Feedback_Train
23433   Yes Yes Yes     Toyota          GreyHound       Amtrak

哪个可以表示为可折叠树,如下所示

我想知道是否有人可以帮助我使用上面的玩具数据集重现这个概念(可折叠树),这个例子将让我知道不同的组件是如何工作的,例如格式化R等中的JSON数据......并作为一个初始点.提前致谢.

Answer 1

这个可折叠的树看起来很酷.我的方法是首先使用创建图形igraph.我希望有已经到IGRAPH转换成JSON的功能,但是,它看起来就像是一个问题尚未落实在GitHub上.所以,这是一个简单的功能.然后,您可以将结果数据插入到链接的源中,并且您有一个可折叠的树.

## Read your data
dat <- read.table(text="ID      Car Bus Train   Feedback_Car    Feedback_Bus    Feedback_Train
23433   Yes Yes Yes     Toyota          GreyHound       Amtrak", header=TRUE)

## Make an edgelist from your data
edges <- rbind(cbind(dat$ID, names(dat)[2:4]),
               cbind(names(dat)[2:4], as.vector(t(dat[5:7]))))

## Convert to a graph data structure
library(igraph)
g <- graph_from_edgelist(edges)

## This is the non-interactive version
plot(g, layout=layout.reingold.tilford(g, root='23433'))

## Recursive function to make a list of nodes to be parsed by toJSON
## call it with 'node' as the root node (here '23433')
f <- function(g, node, size=1000) {
    n <- neighbors(g, node, mode='out')
    if (length(n) == 0) return( list(name=node, size=size) )
    children <- lapply(n$name, function(x) f(g, x, size))
    list(name=node, children=children)
}

## Convert to json
library(jsonlite)
json <- toJSON(f(g, '23433'), auto_unbox = TRUE)

## I made a directory collapsible to store the index.html from the linked
## site, as well as this data
## For completeness, you should be able to run this to see the interactive results,
## But, of course, this is creating files on your box
dir.create('collapsible')
writeLines(json, 'collapsible/data.json')

## Download the index.html
download.file("https://gist.githubusercontent.com/mbostock/4339083/raw/0d003e5ea1686dd6e79562b37f8c7afca287d9a2/index.html", "collapsible/index.html", method='curl')

## Replace with the correct data
txt <- readLines('collapsible/index.html')
txt[grepl("^d3.json", txt)] <- "d3.json('data.json', function(error, flare) {"
writeLines(txt, 'collapsible/index.html')

## Open in broweser
browseURL(paste0('file://', normalizePath('collapsible/index.html')))

结果也可以在这里看到.

Answer 2

您可以使用 data.tree 包将数据转换为 JSON，也可以使用 networkD3 包：

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dat <- read.table(text="ID      Car Bus Train   Feedback_Car    Feedback_Bus    Feedback_Train\n23433   Yes Yes Yes     Toyota          GreyHound       Amtrak", header=TRUE)\n\n## Make an edgelist from your data\nedges <- rbind(cbind(dat$ID, names(dat)[2:4]),\n               cbind(names(dat)[2:4], as.vector(t(dat[5:7]))))\n\nlibrary(data.tree)\ntree <- FromDataFrameNetwork(as.data.frame(edges))\n\ntree\n

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将打印如下：

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          levelName\n1 23433            \n2  \xc2\xa6--Car          \n3  \xc2\xa6   \xc2\xb0--Toyota   \n4  \xc2\xa6--Bus          \n5  \xc2\xa6   \xc2\xb0--GreyHound\n6  \xc2\xb0--Train        \n7      \xc2\xb0--Amtrak   \n

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现在，使用树结构与 networkD3 进行绘图：

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lol <- ToListExplicit(tree, unname = TRUE)\n\nlibrary(networkD3)\n\ndiagonalNetwork(lol)\n

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不幸的是，它还不支持可折叠树。但在这儿是一个如何使用 Shiny 获得你想要的东西的例子。为了将数据转换为正确的 JSON 格式，只需执行以下操作：

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library(jsonlite)\njson <- toJSON(lol)\n

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