向 MPI 结构添加填充

Question

我有一个 C 结构数组，我想填充它来读取文件（并行，使用 set_view 等）

typedef struct
{
    char   type;
    double value;
    double velocity;
} Cell;

我的问题是，一些文件（TYPE1）将只具有type和value（与速度的情况下，必须留给O，以及其他一些文件（2型）都在我type，value和velocity

因此，在读取n文件中的块时，我要么读取 nx 9 位（case1）要么读取 nx 17 位（（case2），我必须将它们以良好的对齐方式放入缓冲区。

我从一个mpi_cell_aligned类型开始

MPI_Datatype mpi_cell_aligned;
int          count[] = { 1,                    1,                     1                        };
MPI_Aint     displ[] = { offsetof(Cell, type), offsetof(Cell, value), offsetof(Cell, velocity) };
MPI_Datatype types[] = { MPI_CHAR,             MPI_DOUBLE,            MPI_DOUBLE               };
switch(type)
{
    case 1: MPI_Type_create_struct(2, count, displ, types, &mpi_cell_aligned); break;
    case 2: MPI_Type_create_struct(3, count, displ, types, &mpi_cell_aligned); break;
}
MPI_Type_commit(&mpi_cell_aligned);

并且使用MPI_Type_contiguous我还构建了一个mpi_cell_packed代表 9/17 连续位的 类型（ui 二进制文件中的格式）。

我的问题是写入我的缓冲区，我正在尝试构建一个包含多个mpi_cell_aligned. 在情况 2 中很容易，因为每种类型都在另一个旁边，但在情况 1 中，我必须考虑我的类型之间的填充，这对应于 1 double 的长度。

不幸的是，给定的步幅MPI_Type_Vector必须以结构数量来衡量，而不是以字节为单位。我同时我不能仅仅描述我的向量，MPI_BYTE因为我的单元格结构不完整（字符和第一个双精度之间的对齐填充）。

如何构建相应的 MPI 数据类型，以便在情况 1 中正确表示 Cell 数组？

Answer 1

在情况 1 中，您必须修改 mpi 类型的范围。

类型的范围是用于知道在发送/接收/写入/读取操作中在哪里可以找到以下元素的大小。

主要函数是 MPI_Type_create_resized。在您的情况下，情况 1 中的 mpi 类型的范围必须与情况 2 中的 mpi 类型的范围相同。

所以你必须做这样的事情：

/* Temporary type */
MPI_Type_create_struct(2, count, displ, types, &mpi_cell_aligned_temp);
/* Compute new extent */
MPI_Type_size(mpi_cell_aligned_temp,&size_double);
extent = offsetof(Cell, velocity)+size_double;
/* Create new type with new extent */
MPI_Type_create_resized(mpi_cell_aligned_temp,0, extent,&mpi_cell_aligned_temp);