在 RMarkdown/knitr 中绘制边距

Question

在 RStudio 中，我的图看起来很完美，但是当我通过“knit HTML”按钮生成 HTML 时，我的边距被切断了。

我正在使用基本图形包来创建一个简单的条形图。

我有一个很大的下边距来容纳跨 x 轴的垂直标签，还有一个很宽的左边距以将 y 轴标题保持在一些大数字的左侧，例如：

```{r set-graph-options}
par(mar = c(12, 6, 4, 2) + 0.1, mgp = c(4, 1, 0), las = 2)
```

x 轴和 y 轴标签/标题都会受到影响；使用默认mgp设置，我的ylab设置看起来不错，但是如果值较大，它似乎被推离了“画布”（或 R 中的任何术语）。

我还注意到 knitr/rmarkdown 无法识别全局设置par()选项。比如上面的设置后，barplot(injury_top12, ylab = "Injuries")将不识别mar, mgp, 或las选项，但是如果我将选项复制到barplot()调用本身中，las = 2&mgp = c(4, 1, 0)开始工作，但mar仍然无法识别。

我尝试使用命令从命令行生成 HTML R -e "rmarkdown::render('Readme.Rmd')"，这也出现了同样的问题。

我使用的是 R Studio 0.98.1103，knitr 是 1.11，rmarkdown 是 0.8，操作系统是 ubuntu linux。

示例.Rmd：

```{r echo = F, example-set-par}
library(knitr)
opts_knit$set(cache = FALSE, verbose = TRUE, global.par = TRUE)
par(mar = c(12, 6, 4, 2) + 0.1, mgp = c(4, 1, 0), las = 2)
d <- c("This is a longer than usual label" = 355,
       "Another quite long label" = 144,
       "A third longish label for a barplot" = 222)
```

Plot one depends on values set by `par()`:

```{r echo = F, example-plot-using-par}
barplot(d, ylab = "Arbitrary numbers")
```

Plot two explicitly sets options:

```{r echo = F, example-plot-with-explicit-options}
barplot(d, ylab = "Arbitrary numbers", mar = c(12, 6, 4, 2) + 0.1, mgp = c(4, 1, 0), las = 2)
```

当我编织这个RMD文档，第一个情节不使用las或mgp在设置选项par()。第二个图是，但 x 轴标签被切断，y 轴标题几乎完全被推出框架（y 的尾部略微可见）。

Answer 1

对于想要直接隐藏在评论和推文中的答案的人，您的.Rmd文件应如下所示：

---
title: exemple
header of your Rmd
---

```{r}
library(knitr)
opts_knit$set(global.par = TRUE)
```
The important think in the previous chunk is  to put global.par=TRUE 

Plot one depends on values set by `par()`:

```{r}
par(mar=c(5,5,0,0)) #it's important to have that in a separate chunk
``` 
Now we just plot a point with the good margin set by the global `par()`

```{r}
plot(1,1,main="a plot with the margin as set globally")
```

如果您不想在输出中包含用于设置全局边距的代码，只需添加：

```{r,include=FALSE}
par(mar=c(5,5,0,0))
``` 

在您不想包含的块中。