将 PATH 添加到 RStudio 的路径

Ana*_*sid 6 r rstudio

我在 MacOS 上运行 RStudio,需要使用一些自定义命令行工具,例如csvcut(部分csvkit)来实现我们团队中的多个人将在他们的机器上使用的功能。

如果我在终端中从 R运行system('pip install csvcut)(我使用此命令作为示例;通常,我会运行csvcut),它会工作(检查是否已安装最后一个版本等),就像我从命令行终端。

如果我在 RStudio 中做同样的事情:

> system('pip install csvkit')
sh: pip: command not found
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

如果我which pip在终端中执行并将地址复制粘贴到 RStudio 中,它会起作用:

system('/anaconda3/anaconda/bin/pip install csvkit')
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): csvkit in /anaconda3/anaconda/lib/python3.4/site-packages
# etc.
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

^ 如果我只是system('pipinstall csvkit')在终端中从 R执行,那就是输出。

不幸的是,我什which pip至无法在 RStudio 中运行。(另外,我不能自动pip install csvkit为其他人的机器,因为它需要 sudo 访问权限。)如果有办法将 RStudio 指向 R 的路径,那会更容易。

我在一些网站上找到了说要创建一个.Renviron文件并在其中包含R_LIBS_USER=~/R/library一行的说明,但这没有帮助。

pca*_*upo 3

尝试将此行添加到您的 .Renviron 文件中:

PATH=/anaconda3/anaconda/bin:$PATH
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

  • 这在 .Renviron 中对我不起作用。我必须做 ${PATH} ... 使用此处记录的大括号...“请注意,大括号是必不可少的:$HOME 不会被解释” https://stuff.mit.edu/afs/sipb/项目/r-project/lib/R/library/base/html/Startup.html (5认同)