安装软件包“ rjags”的退出状态为非零

Question

SO：Linux Ubuntu 14.04 LTS R：R版本3.2.1（2015-06-18）-“世界著名的宇航员”版权所有（C）2015统计计算平台的R基础：i686-pc-linux-gnu（32位）

当我尝试安装软件包时rjags，出现以下致命错误：

install.packages("rjags")
Installing package into ‘/home/marco/.rkward/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'http://mirrors.softliste.de/cran/src/contrib/rjags_3-15.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 66879 bytes (65 KB)
==================================================
downloaded 65 KB

* installing *source* package ‘rjags’ ...
** package ‘rjags’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for prefix by checking for jags... no
configure: error: "Location of JAGS headers not defined. Use configure arg '--with-jags-include' or environment variable 'JAGS_INCLUDE'"
ERROR: configuration failed for package ‘rjags’
* removing ‘/home/marco/.rkward/library/rjags’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpditLat/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rjags") :
  installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status

显然，第一个错误消息是

configure：错误：“未定义JAGS标头的位置。请使用configure arg'--with-jags-include'或环境变量'JAGS_INCLUDE'”

我该如何解决？

Answer 1

正如顶部评论所解释的，您需要在系统中安装 JAGS（另一个吉布斯采样器）。由于您使用的是 Ubuntu 14.04，因此运行

sudo apt-get install jags

应该足够了。但是，如果您使用的是另一个发行版（或者由于某种原因，上面的代码不适合您），最好了解如何从源代码获取 JAGS：

1. 访问http://mcmc-jags.sourceforge.net/
2. 在“下载”下查找合适的版本。例如，Fedora 用户应该查看http://download.opensuse.org/repositories/home:/cornell_vrdc/的 Fedora_20 文件夹
3. 不要忘记下载基础版本和开发版本。

安装成功后，您可以返回 R（无论如何，在整个过程中它可以保持打开状态）并安装您想要的软件包。