有效地访问成对距离

Question

我有一个距离矩阵:

> mat
          hydrogen   helium  lithium beryllium    boron
hydrogen  0.000000 2.065564 3.940308  2.647510 2.671674
helium    2.065564 0.000000 2.365661  1.697749 1.319400
lithium   3.940308 2.365661 0.000000  3.188148 2.411567
beryllium 2.647510 1.697749 3.188148  0.000000 2.499369
boron     2.671674 1.319400 2.411567  2.499369 0.000000

和一个数据框:

> results

El1      El2    Score
Helium Hydrogen   92
Boron   Helium    61
Boron  Lithium    88

我想计算results$El1和中单词之间的所有成对距离results$El2获得以下内容:

> results

El1      El2    Score   Dist
Helium Hydrogen   92    2.065564
Boron   Helium    61    1.319400
Boron  Lithium    88    2.411567

我用for循环做了这个,但看起来真的很笨重.是否有更优雅的方式来搜索和提取更少的代码行？

这是我目前的代码:

names = row.names(mat) 
num.results <- dim(results)[1]   
El1 =  match(results$El1, names)  
El2 = match(results$El2, names)    
el.dist <- matrix(0, num.results, 1)        
for (i1 in c(1:num.results)) {             
el.dist[i1, 1] <- mat[El1[i1], El2[i1]]
}
results$Dist = el.dist[,1] 

Answer 1

cols <- match(tolower(results$El1), colnames(mat))
rows <- match(tolower(results$El2), colnames(mat))
results$Dist <- mat[cbind(rows, cols)]
results
     El1      El2 Score     Dist
1 Helium Hydrogen    92 2.065564
2  Boron   Helium    61 1.319400
3  Boron  Lithium    88 2.411567

您会认出大部分代码。需要重点关注的是mat[cbind(rows, cols)]. 对于矩阵，我们可以用另一个具有相同列数和维度的矩阵进行子集化。来自?`[`帮助：

当通过 [ 索引数组时，单个参数 i 可以是一个矩阵，其列数与 x 的维度一样多；结果是一个向量，其元素对应于 i 的每一行中的索引集。