Python:索引以制表符分隔的文件

Question

我有一个以制表符分隔的文本文件,如下所示:

1_0 NP_045689 100.00 279 0 0 18 296 18 296 3e-156 539

1_0 NP_045688 54.83 259 108 6 45 296 17 273 2e-61 224

我需要解析特定的列,例如第2列.

我试过下面的代码:

z = open('output.blast', 'r')
for line in z.readlines():
    for col in line:
        print col[1]
z.close()

但我得到索引超出范围错误.

Answer 1

z = open('output.blast', 'r')
for line in z.readlines():
    cols = line.split('\t'):
        print cols[1]
z.close()

首先需要split()选项卡字符的行.

或者,您可以csv在制表符分隔符模式下使用Python的模块.

Answer 2

检查出的csv模块.如果您计划使用制表符分隔文件执行更多操作,那么这对您有很大帮助.一个好处是你可以为各列指定名称.