将带有位置、颜色等的 networkx 图写入 gexf

Question

我使用 networkx 构建了一个图表，并使用 spring 布局函数生成了一个漂亮的图，不幸的是，这没有传输到 gexf 文件

我认为networkx工具的重点是能够编写可读的图形文件，所以如果python中有一个简单的解决方案，我会犹豫是否手动更改xml

这是我想要的格式的链接，因为最终目标是使用 sigma js 工具将其放入网页中

https://github.com/jacomyal/sigmajs.org/blob/master/assets/data/les-miserables.gexf

或更具体地说，这种格式： http://gexf.net/format/viz.html

这是 gephi 示例中使用《悲惨世界》字符的示例，是否有一种方法可以简单地使用命令nx.write_gexf(G, "")，同时还专门编写属性，可以以相同的格式输出它？

Answer 1

这更像是一个 GEPHI“问题”，而不是 Networkx 的问题。

简而言之，networkx.write_gexf将尝试导出gexf文件可以描述的每个可能的节点和边属性。然后，由 GEPHI 用户将特定节点或边属性重新分配给内部 GEPHI 属性。

简单地说，假设：

import networkx

#Create a Graph
G = networkx.Graph()
G.add_node("Alpha", X=10, Y=10)
G.add_node("Beta", X=-10, Y=-10)
G.add_path(["Alpha", "Beta"])

给定此图，现在让我们尝试使用以下命令将其保存在 GEXF 中：

#Attempt to save the graph in gexf
#PLEASE NOTE: This call will succeed and MyGraph will be created on the disk.
#You can now do a cat MyGraph.gexf and verify that attributes X and Y are indeed included in the file.
networkx.write_gexf(G, "MyGraph.gexf)

#Add another node with an attribute of type tuple
G.add_node("Gamma", pos=(5,5))

#Attempt to save the graph in gexf again
#PLEASE NOTE: This call will fail because it is impossible to 'unpack' the tuple without further knowledge
networkx.write_gexf(G, "MyOtherGraph.gexf")

现在，networkx.layout（例如pos = networkx.layout.random_layout(G)）将节点的位置作为可迭代数组返回，并且这些位置可以保存回节点，但如上面的示例所示，如果您尝试保存具有此类节点属性的图形，它会将失败。

因此，恐怕您必须解压布局返回的坐标并将它们分配给单个节点属性，就像上面描述的那样（请参阅此处使用的属性X和哪些属性）。Y

完成此操作后，可以毫无问题地导出图表。

现在，一旦进入 Gephi 并实现将节点属性重新分配给内部 Gephi 属性，您首先需要安装此插件。完成此操作后，按照正常方式将图表加载到 GEPHI 中，然后切换到“数据实验室”视图，您可以在其中查看所有节点及其属性。如果您已经安装了重铸插件，请单击“更多操作”，然后单击“设置标准列”（原文如此）。这将启动一个相当不言自明的对话框，它允许您将图形特定属性“映射”到内部 GEPHI 属性，例如X-coordinate. 使用它来分配两个坐标，然后切换到“概述”视图以查看节点重新定位到其保存的位置。

希望这可以帮助。