用ggtree绘制igraph树对象

Question

使用igraph包生成树作为图的子类是事实上的标准R.

包ggtree在树形可视化方面非常通用.这似乎有些绘图功能超越的capabilties 的igraph.

这导致了一个问题:

有没有办法使用igraph包生成的有效树图对象(例如下面的示例)作为可视化的输入ggtree？

library(igraph)
g <- graph.tree(20, 2)

Answer 1

这是一个好主意。

ggtree 专为系统发育分析而设计。某些功能可能无法直接应用于 igraph 等其他对象。为了让支持更顺利，就是将igraph对象转换为phylo对象。这样转换后就可以用ggtree来可视化了，并且支持所有的功能。

转换的问题是 igraph 允许单例，如发布的示例中所示，而 phylo 不允许，因为它在进化中毫无意义。

我会考虑在未来的版本中开发一个转换功能。

参考

G Yu、DK Smith、H Zhu、Yguan、TTY Lam ^*。ggtree：一个 R 包，用于系统发育树及其协变量和其他相关数据的可视化和注释。生态学和进化方法。doi:10.1111/2041-210X.12628。