为什么local.oplog.rs上的每隔几分钟活动会锁定mongo客户端

epi*_*rim 16 mongodb

问题:

每隔一两分钟,mongo客户端停止约3秒钟.更新的正常操作时间约为1或2毫秒.当这种缓慢出现时,我们会有一堆持续1到3秒的更新.

慢查询日志不会显示与此相关的任何内容.也没有调试mongo客户端(mongo-php-client).

当前架构在副本集中具有1个主设备,1个从设备和1个仲裁器.

执行的查询总是相同的排序(由_id进行upsert,使用新的MongoId进行插入).没有"我们运行这个超级昂贵的更新每隔几分钟"

阻塞似乎是由local.oplog.rs引起的.至少,这就是mongotop输出如下所示.我没有发现辅助导致此问题的任何迹象,因为所有以下命令的输出似乎在那里稳定.我没有发现任何信息指出缓慢是由特定查询引起的.

我们存储数据的方式背后的想法是预先汇总的报告.我们有很多更新(每秒几百个),但查询率很低.索引是日期限制的(除了_id,它是根据记录包含的所有维度从复合键计算出来的.对此,我的意思是_id不是增量的,就像使用ObjectId索引一样).只是为了给出一个想法,最大集合中的索引是(以Mb为单位):

"indexSizes" : {
    "_id_" : 1967,
    "owner_date" : 230,
    "flow_date" : 231,
    "date" : 170
},
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

大多数其他集合的索引大小为100Mb或更少.在所有集合中,_id索引是最大的.值得注意的是,这个ID是手动生成的(基于元数据,因此插入是作为upsert完成的,而不是增量的)

跟进:

Edit1:经过多次挖掘后,当刷新到磁盘时,锁定似乎与日志的rsync进程有关.该日志与数据文件位于相同的文件系统中,但由于磁盘是快速的ssd设备,因此预期的速度很慢.

编辑2:经过一些测试,磁盘的写入能力不是问题.我们通常以每秒几兆字节的速度写入.在磁盘上运行一些测试,它接受150mb/s没有问题

预期答案:

为什么会发生这种停机?

  • 指出可能的原因,以便进一步调查
  • 基于类似案例的经验/解决方案

问题说明:

以下命令在主节点中运行

每次出现缓慢时,我们都会在mongostat中看到以下内容(两个示例)

insert query update delete getmore command % dirty % used flushes vsize  res qr|qw ar|aw netIn netOut conn set repl     time
    10    *0    141     *0      93   120|0     0.4   80.0       0 11.5G 9.4G   0|1   1|0  110k    71k  274 rs0  PRI 13:15:44
    12    *0    178     *0      72   105|0     0.2   80.0       1 11.5G 9.4G   0|0   1|0  111k    79k  274 rs0  PRI 13:15:45
    47    *0      7     *0       0   159|0     0.1   80.0       0 11.5G 9.4G   0|0   2|1   15k    44k  274 rs0  PRI 13:15:49 !!!!HERE
    14    *0    929     *0      99   170|0     0.2   80.0       0 11.5G 9.4G   0|0   1|0  419k   417k  274 rs0  PRI 13:15:50
    21    *0    287     *0     124   181|0     0.2   80.0       0 11.5G 9.4G   0|0   1|0  187k   122k  274 rs0  PRI 13:15:51

insert query update delete getmore command % dirty % used flushes vsize  res qr|qw ar|aw netIn netOut conn set repl     time
    10    *0    145     *0      70   108|0     0.3   79.9       0 11.5G 9.4G   0|0   1|0   98k    71k  274 rs0  PRI 13:16:48
    11    *0    155     *0      72   111|0     0.2   79.9       1 11.5G 9.4G   0|0   1|0  103k    75k  274 rs0  PRI 13:16:49
    44    *0      3     *0       0   144|0     0.0   79.9       0 11.5G 9.4G   0|2   1|0   11k    75k  274 rs0  PRI 13:16:53 !!!!HERE
    11    *0    837     *0      94   134|0     0.2   79.9       0 11.5G 9.4G   0|0   1|0  377k   348k  274 rs0  PRI 13:16:54
    12    *0    180     *0      86   139|0     0.2   79.9       0 11.5G 9.4G   0|0   1|0  122k    85k  274 rs0  PRI 13:16:55
    14    *0    195     *0      83   124|0     0.2   79.9       0 11.5G 9.4G   0|0   2|0  125k    89k  274 rs0  PRI 13:16:56
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

更新列有一个drop,以及下面一个更多的更新.另请注意,我们使用mongostat,延迟时间为1秒.当缓慢出现时,mongostat停止回复几秒钟.停止仅存在于主服务器中,而不存在于从服务器中

当这个问题发生时,这是mongotop的输出(在2015-07-07T13:29:38):

(可以在这里找到更多上下文的示例)

                                                                                        ns    total     read    write    2015-07-07T13:29:33+02:00
                                                           database_name.d_date_flow_owner    555ms    550ms      4ms                             
                                                                            local.oplog.rs     61ms     53ms      7ms                             
                                                      database_name.client_context_bbbbbbb     15ms      0ms     15ms                             
                                                        database_name.d_date_landing_owner     15ms      0ms     15ms                             
                                                        database_name.d_date_billing_owner     10ms      0ms     10ms                             
database_name.w_bl_carrier_country_date_device_flow_landing_manager_op1_os_owner_prod_site      7ms      0ms      7ms                             
                database_name.d_carrier_country_date_device_flow_landing_op1_os_owner_site      5ms      0ms      5ms                             
                                                        database_name.d_country_date_owner      5ms      0ms      5ms                             
                                                         database_name.d_date_device_owner      5ms      0ms      5ms                             
                                                             database_name.d_date_os_owner      5ms      0ms      5ms                             

                                          ns    total    read    write    2015-07-07T13:29:37+02:00
        database_name.client_context_bbbbbbb      2ms     0ms      2ms                             
      database_name.client_context_aaaaaaaaa      1ms     0ms      1ms                             
                   admin.system.backup_users      0ms     0ms      0ms                             
                     admin.system.namespaces      0ms     0ms      0ms                             
                      admin.system.new_users      0ms     0ms      0ms                             
                        admin.system.profile      0ms     0ms      0ms                             
                          admin.system.roles      0ms     0ms      0ms                             
                          admin.system.users      0ms     0ms      0ms                             
                        admin.system.version      0ms     0ms      0ms                             
                               database_name      0ms     0ms      0ms                             

                                                                        ns     total      read     write    2015-07-07T13:29:38+02:00
                                                            local.oplog.rs    8171ms    4470ms    3701ms                             
                                            database_name.d_date_op1_owner      45ms       0ms      45ms                             
                                         database_name.d_date_device_owner      39ms       0ms      39ms                             
                                                database_name.m_date_owner      34ms       0ms      34ms                             
                                                database_name.d_date_owner      32ms       0ms      32ms                             
                                           database_name.d_date_owner_site      31ms       0ms      31ms                             
                                        database_name.d_carrier_date_owner      30ms       0ms      30ms                             
                                           database_name.d_date_flow_owner      30ms       0ms      30ms                             
                                        database_name.d_date_owner_product      28ms       0ms      28ms                             
database_name.d_carrier_country_date_device_flow_landing_op1_os_owner_site      27ms       0ms      27ms                             

                                                                                        ns    total     read    write    2015-07-07T13:29:39+02:00
                                                           database_name.d_date_flow_owner    558ms    552ms      6ms                             
                                                                            local.oplog.rs     62ms     61ms      1ms                             
                                                        database_name.d_carrier_date_owner     17ms      0ms     17ms                             
                                                                database_name.d_date_owner     16ms      0ms     16ms                             
database_name.w_bl_carrier_country_date_device_flow_landing_manager_op1_os_owner_prod_site      7ms      0ms      7ms                             
                                                        database_name.d_date_billing_owner      6ms      0ms      6ms                             
                database_name.d_carrier_country_date_device_flow_landing_op1_os_owner_site      5ms      0ms      5ms                             
                                                        database_name.d_country_date_owner      5ms      0ms      5ms                             
                                                         database_name.d_date_device_owner      5ms      0ms      5ms                             
                                                            database_name.d_date_op1_owner      5ms      0ms      5ms                             
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

显示问题的php mongo客户端的调试(最后两个"PhpMongoClient调试"行):

(可以在这里找到更多上下文的示例)

Update duration: 2ms
Update duration: 1ms
Update duration: 1ms
Update duration: 4006ms
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  PARSE (INFO): Parsing mongodb://primary_host.lan,secondary_host.lan
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  PARSE (INFO): - Found node: primary_host.lan:27017
    [....]
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (FINE): limiting by credentials: done
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (FINE): sorting servers by priority and ping time
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (FINE): - connection: type: PRIMARY, socket: 42, ping: 0, hash: primary_host.lan:27017;rs0;database_name/user/5ca571e7db198eeee3abee35857bfd53;30751
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (FINE): sorting servers: done
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (FINE): selecting near servers
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (FINE): selecting near servers: nearest is 0ms
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (FINE): - connection: type: PRIMARY, socket: 42, ping: 0, hash: primary_host.lan:27017;rs0;database_name/user/5ca571e7db198eeee3abee35857bfd53;30751
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (FINE): selecting near server: done
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (INFO): pick server: random element 0
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  REPLSET (INFO): - connection: type: PRIMARY, socket: 42, ping: 0, hash: primary_host.lan:27017;rs0;database_name/user/5ca571e7db198eeee3abee35857bfd53;30751
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:26 -  CON (FINE): No timeout changes for primary_host.lan:27017;rs0;database_name/user/5ca571e7db198eeee3abee35857bfd53;30751
    PhpMongoClient debug: 2015-07-07 10:40:30 -  CON (FINE): No timeout changes for primary_host.lan:27017;rs0;database_name/user/5ca571e7db198eeee3abee35857bfd53;30751
Update duration: 3943ms
Update duration: 3476ms
Update duration: 2008ms
Update duration: 961ms
Update duration: 956ms
Update duration: 20ms
Update duration: 20ms
Update duration: 3ms
Update duration: 42ms
Update duration: 24ms
Update duration: 25ms
Update duration: 56ms
Update duration: 24ms
Update duration: 11ms
Update duration: 11ms
Update duration: 3ms
Update duration: 2ms
Update duration: 3ms
Update duration: 1ms
Update duration: 1ms
Update duration: 1ms
Update duration: 2ms
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

Mongo信息:

  • Mongo版本:3.0.3
  • 副本设置有1个从属和1个仲裁器
  • 复制滞后在0到4秒之间变化
  • 引擎:WiredTiger
  • 文件系统:XFS
  • 操作系统:红帽企业Linux服务器版本7.1
  • 内存:24Gb.由htop报告为40%使用,60%缓存

epi*_*rim 2

这个问题现在已经消失了。采取了两项行动:

  1. 重新设计了预先汇总的报告系统。mongo的工作量减少了10倍。
  2. mongo版本更新至3.0.6

不幸的是,这两项更改在发布之前没有太多时间。我怀疑减少工作量确实有效(这可能与 @steve-brisk 指出的问题有关,也可能没有),至少目前如此(当我们再次达到之前的工作量水平时,我们将会看到)。但是,由于版本也更新了,即使使用之前的工作负载水平,我们也可能不会再次遇到此问题

我没有证据表明这两种解决方案仅适用于其中一种。不过两个都拿了之后问题就解决了