lme4 随机效应结构与疏通

Question

我已经构建了一个lme4用于模型选择的模型，dredge但是我无法将随机效应与相关的固定效应对齐。我的完整模型的结构如下。

fullModel<-glmer(y ~x1 + x2 + (0+x1|Year) + (0+x1|Country) + (0+x2|Year) + (0+x2|Country) + (1 | Year) +(1|Country), family=binomial('logit'),data = alldata)

在这个模型结构中，模型选择dredge产生了三种固定效应的组合，即 x1、x2 和 x1+x2，但是随机效应结构保持与完整模型相同，这样即使固定效应只有 x1，随机效应将包括(0+x2|Year) + (0+x2|Country). 例如，只有 x1 作为固定效应的模型，在随机效应结构中仍然会有 x2，如下所示。

y ~x1 + (0+x1|Year) + (0+x1|Country) + (0+x2|Year) +(0+x2|Country) + (1 | Year) +(1|Country), family=binomial('logit')

有没有办法配置dredge不选择其中指定了其他固定效果的随机效果？我有大约 x1….x50。

Answer 1

您不能开箱即用，因为dredge当前省略了所有(x|g)表达式，但是您可以在 ( g)周围制作一个“包装器”lmer来替换“|” 公式中的术语与其他内容（例如re(x,g)），因此dredge认为这些是固定效果。例子：

glmerwrap <-
function(formula) { 
    cl <- origCall <- match.call()
    cl[[1L]] <- as.name("glmer") # replace 'lmerwrap' with 'glmer'
    # replace "re" with "|" in the formula:
    f <- as.formula(do.call("substitute", list(formula, list(re = as.name("|")))))
    environment(f) <- environment(formula)
    cl$formula <- f
    x <- eval.parent(cl) # evaluate modified call
    # store original call and formula in the result:
    x@call  <- origCall
    attr(x@frame, "formula") <- formula
    x
}
formals(glmerwrap) <- formals(lme4::glmer)

以下example(glmer)：

# note the use of re(x,group) instead of (x|group)
(fm <- glmerwrap(cbind(incidence, size - incidence) ~ period +
    re(1, herd) +  re(1, obs), family = binomial, data = cbpp))

现在，

dredge(fm)

操纵固定和随机效果。