R,knitr和source函数:如何保留html报告的源文件注释

Question

R控制台:当我调用时source("file_of_functions.R",echo=TRUE),所有源文件表达式(包括注释)都打印到控制台.

编织HTML:当我放入source("file_of_functions.R",echo=TRUE)一个块并编织到html时,除了注释之外,打印相同的输出.

为了清楚我的代码和报告,我希望源文件的注释包含在html报告中.

有什么建议？

基本示例:将以下内容另存为fR:

# function to add a number to itself
f <- function(x) x+x
f(2)

在控制台中,调用source("f.R",echo=TRUE)打印:

#function to add a number to itself
> f <- function(x) x+x
> f(2)
> [1] 4

编织到html时,通话

```{r}
source("f.R",echo=TRUE)
```

产生相同的输出,但没有评论.

Answer 1

我并不是要将此作为答案发布,但我只想指出您可以轻松插入test.r代码块的可能性

```{r code=readLines('test.r')}
```

我个人认为这比使用更好source(),例如你没有>默认获得提示(如果你愿意,你可以),R代码将突出显示语法.当然,您的评论将被保留.

Answer 2

测试.Rmd

---
output: html_document
---

```{r}
options(prompt = '> ')
```

```{r}
source('./test.r', echo = TRUE)
```

```{r}
source('./test.r', echo = TRUE, keep.source = TRUE)
```