R gplots heatmap.2 - 使用breaks参数键不稳定(警告:未使用的'break'将在使用前排序)

Question

我正在使用R中heatmap.2的gplots包中的函数可视化数据集.基本上我正在对原始数据执行层次聚类分析,同时强制热图显示有限版本的数据(在-3和+3之间)限制异常值对热图外观的影响,同时仍保留原始聚类.当我使用完整数据集(fullmousedatamat)时,它工作得很好.但是,当我使用部分数据集(partialmousedatamat),并希望使用与完整数据集相同的键绘制它时,从键中删除了几种颜色,我无法弄清楚原因.

以下是包含相关数据集和分析的要点:

https://gist.github.com/jeffbruce/7412f567ac57fe1721a3

注意中心白色两侧的第4种颜色是如何掉落的.这对我来说可能是个错误.我收到以下警告信息,我不确定如何解释:

Warning message:
In image.default(z = matrix(z, ncol = 1), col = col, breaks = tmpbreaks,  :
  unsorted 'breaks' will be sorted before use

谢谢你的帮助!

Answer 1

我遇到了同样的问题,我不得不通过代码heatmap.2来弄明白.

事实证明symkey=T,这是默认值,在两端添加数据的极值breaks,使其无法排序:

tmpbreaks <- breaks
  if (symkey) {
    max.raw <- max(abs(c(x, breaks)), na.rm = TRUE)
    min.raw <- -max.raw
    tmpbreaks[1] <- -max(abs(x), na.rm = TRUE)
    tmpbreaks[length(tmpbreaks)] <- max(abs(x), na.rm = TRUE)
  }

因此,解决此问题的简单方法是添加,symkey=F如果您提供自己的休息时间.