在R中的Cox回归之后,将预测的危险比列添加到数据帧

Question

在R中运行Cox PH回归后,我需要在数据框中添加预测风险比率列.数据框是一个面板数据,其中numgvkey如果公司标识符和年龄是时间标识符.您可以从以下链接下载该日期的一小部分:https: //drive.google.com/file/d/0B8usDJAPeV85VFRWd01pb0h1MDA/view?usp=sharing

我有以下几点:

library(survival)
library(readstata13)
sme <- read.dta13("sme.dta")
reg<-coxph(Surv(age,EVENT2)~L1FETA+frailty(numgvkey), ties=c("efron"),  data=sme)
summary(reg)
hr <- predict(reg, type="risk")

如何在"sme"数据框中添加第5列"危险比"(hr)？另外,有没有办法预测EVENT2概率而不是'hr'？

Answer 1

该predict.coxph函数允许您生成几种不同的“类型”输出。其中之一就是“期望”，这可能就是您所说的“概率”。这并不是真正的可能性，因为当相对风险，“基准危害”和观察时间很高时，数字有时会超过1.0。

“类型”的“风险”选项返回风险比率。

有一个survfit.coxph，它可以用来计算预测的生存期。它返回的对象既有 surv一个cumhaz列表组件。

您可能要尝试以下操作：

sme$cumhaz <- survfit(fit, newdata=sme)$cumhaz