如何在MPI作业中的计算节点上设置环境变量

Question

我不明白在调度程序下使用MPI运行时如何在计算节点上设置环境.

我做:

mpirun -np 1 --hostfile ./hostfile foo.sh

用foo.sh:

#!/usr/bin/env zsh                                                                                                  
echo $LD_LIBRARY_PATH

然后我没有恢复我在交互式shell中的LD_LIBRARY_PATH ...在与MPI连接时执行/获取的初始化文件是什么？

注意:我在zsh下,我试图把东西放在.zprofile或.zshenv而不是.zshrc中,但它似乎没有做出改变......我的LD_LIBRARY_PATH是在一个.profile中设置的. .bshrc,由.zshrc提供.

Answer 1

一些MPI实现-x为此具有mpirun 的标志，例如OpenMPI：

-x <env>

在执行程序之前，将指定的环境变量导出到远程节点。每个-x选项只能指定一个环境变量。可以指定现有的环境变量，也可以指定具有相应值的新变量名称。例如：

％mpirun -x显示-x OFILE = / tmp / out ...

-x选项的解析器不是很复杂。它甚至不理解引用的值。建议用户在环境中设置变量，然后使用-x导出（而不是定义）它们。

如果不是，则必须在作业脚本中显式设置环境变量，例如

export LD_LIBRARY_PATH=...