使用FSL对fMRI图像进行下采样

Question

我有一组fMRI图像.一组的维数为90 x 60 x 12 x 350,体素尺寸为1 x 1 x 1 mm(350体积).另一组的维数为80 x 35 x 12 x 350,体素尺寸为0.2 x 0.2 x 0.5 mm.我正在使用其中一个图像作为参考图像进行注册.由于分辨率的差异,注册失败(有调情).所以我必须先进行下采样或上采样.我尝试了以下方法:

flirt -in input_image\-ref good_size_image\-outoutout_image\-applyxfm\-init /usr/share/fsl/5.0/etc/flirtsch/ident.mat

这不起作用,不适用于下采样而不适用于上采样.

我该如何正确地进行下采样/上采样？

Answer 1

如果我理解正确,那么你的图像的空间范围是(a)9 x 6 x 1.2 cm ^ 3和(b)1.6 x 0.7 x 0.6 cm ^ 3？这些都非常小而且完全不同.我可以想象,如果图像2覆盖图像1的非常特定的子区域(因为它要小得多),您可能需要给出一个良好的起始估计以获得正确的结果.

if是否input_image具有尺寸(b)并且good_size_image具有尺寸(a)然后通过调用

flirt -in input_image 
      -ref good_size_image 
      -out output_image 
      -applyxfm 

(init在这种情况下,选项不是绝对必要的),

你的输出将是显示更大体素中更小空间的图像.我假设输出图像具有参考图像的大小(这是参考图像的想法),但大部分都是空的.开关(a)和(b)没有意义,因为参考图像的空间就只能覆盖输入的一小部分.您需要先注册.

您可能希望尝试applyisoxfm将图像重新采样为给定大小的立方体素的选项.

flirt -in small_image -ref small_image -out small_1mm -applyisoxfm 1

将覆盖空间(b)的图像重新采样为1x1x1 mm ^ 3.同样,对于这么小的空间来说,这可能是粗略的分辨率.也许可以将两个图像重新采样到0.5毫米各向同性,然后注册？

对于这些问题,FSL邮件列表是一个更好的寻求帮助的地方.