R:将特定行的单列数据帧重新排列为新列

Question

编辑:认为对于后来搜索的人来说,这可能是有用的,这个数据是我在尝试输出序列属性时从Biomart获得的输出.

我有以下基因组数据:

structure(list(Sequences = structure(c(2L, 10L, 3L, 8L, 9L, 1L, 
5L, 4L, 6L, 7L), .Label = c(">ENSRNOG00000000902|Hsph1", ">ENSRNOG00000001136|Pebp1", 
">ENSRNOG00000001214|Pfkl", "AGAGAGGCGAGCGGCGGAGAGCGGTGGCAAATACTGAACGCAGTCTCGCAGGGTAAGCCC", 
"GAGCGATTGGGACCTCCCCTTTTGGATTGGTAGCTGAGCGGCAGTGGCGGCGGCTGCGTG", 
"GAGGCATCTTCCCGGCCGGTCGGGAGCAGGAGGAGCACGCAGCGGATCCCAGGCAGAGGC", 
"GGACCGGGCCAGCC", "GGCGGGGACAGGCGACAGCCGCGCGGAACGCAGAGCGGCGGGAGAGGAGCTCGGGCTCCT", 
"GGTCTCTGCTGCCGTC", "GTTTAACTGCACTCGGGACTCGGCGCGCGCGTGTGTCTGTTCTCTCCATCGTC"
), class = "factor")), .Names = "Sequences", class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-10L))

我想重新排列数据,以便第一列显示基因ID信息(例如,对于第一种情况,它将是:"> ENSRNOG00000001136 | Pebp1")然后它下面的基因组代码行将一起显示在列旁边它.注意,行7-10具有多行遗传密码.在这里,基因ID信息下面的所有字符串将被连接成一行而不是分布在4个单独的行上.最后,我还想删除每个基因ID之前的">"符号.

因此最终的输出是:

ID                          Sequence
ENSRNOG00000001136|Pebp1    GTTTAACTGCACTCGGGACTCGGCGCGCGCGTGTGTCTGTTCTCTCCATCGTC
ENSRNOG00000001214|Pfkl GGCGGGGACAGGCGACAGCCGCGCGGAACGCAGAGCGGCGGGAGAGGAGCTCGGGCTCCTGGTCTCTGCTGCCGTC
ENSRNOG00000000902|Hsph1    GAGCGATTGGGACCTCCCCTTTTGGATTGGTAGCTGAGCGGCAGTGGCGGCGGCTGCGTGAGAGAGGCGAGCGGCGGAGAGCGGTGGCAAATACTGAACGCAGTCTCGCAGGGTAAGCCCGAGGCATCTTCCCGGCCGGTCGGGAGCAGGAGGAGCACGCAGCGGATCCCAGGCAGAGGCGGACCGGGCCAGCC

请注意,这只是~2500行数据帧的前几行.解决方案需要足够通用,它可以解析序列占用的行数可能超过上例中显示的4行的情况.

Answer 1

在标记行是否是基因名称（基于是否有“>”）后，您可以用来cumsum确定行的组。然后您可以使用substr删除前导的“>”并tapply组合paste每组中的所有基因。

dat$Sequences <- as.character(dat$Sequences)
(is.gene <- grepl(">", dat$Sequences))
# [1]  TRUE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
(gene.groups <- cumsum(is.gene))
# [1] 1 1 2 2 2 3 3 3 3 3
data.frame(ID=substr(dat$Sequences[is.gene], 2, nchar(dat$Sequences[is.gene])),
           Sequence=tapply(dat$Sequences[!is.gene], gene.groups[!is.gene], paste, collapse=""))
#                         ID
# 1 ENSRNOG00000001136|Pebp1
# 2  ENSRNOG00000001214|Pfkl
# 3 ENSRNOG00000000902|Hsph1
#                                                                                                                                                                                             Sequence
# 1                                                                                                                                              GTTTAACTGCACTCGGGACTCGGCGCGCGCGTGTGTCTGTTCTCTCCATCGTC
# 2                                                                                                                       GGCGGGGACAGGCGACAGCCGCGCGGAACGCAGAGCGGCGGGAGAGGAGCTCGGGCTCCTGGTCTCTGCTGCCGTC
# 3 GAGCGATTGGGACCTCCCCTTTTGGATTGGTAGCTGAGCGGCAGTGGCGGCGGCTGCGTGAGAGAGGCGAGCGGCGGAGAGCGGTGGCAAATACTGAACGCAGTCTCGCAGGGTAAGCCCGAGGCATCTTCCCGGCCGGTCGGGAGCAGGAGGAGCACGCAGCGGATCCCAGGCAGAGGCGGACCGGGCCAGCC