如何在Windows上使用R设置和使用MPI

Question

我从网上下载了一个R脚本,说它"必须在MPI环境中运行".现在我完全不知道MPI,除了它用于并行计算,并且很难找到关于如何设置和使用它的简单教程.

有人可以给我一个简单的,逐步指导我应该安装什么来运行它,我应该怎么做,以及我如何运行脚本？

提前致谢.

编辑,这是我试过的:

• 我安装了Microsoft MPI
• 我在R中安装并加载了RMpi包

具体问题:

> # number of available slots is passed via environment variable
> slots <- as.integer(Sys.getenv("NSLOTS"))

给NA_integer_.

如果我使用以下(即我用一些标量替换Sys.getenv("NSLOTS"))

> slots <- as.integer(4)
> cl <- snow::makeMPIcluster(slots)

我收到了错误

mpi.comm.spawn出错(slave = mpitask,slavearg = args,nslaves = count,:其他MPI错误,错误堆栈:MPI_Comm_spawn(cmd ="C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/bin/ Rscript.exe",argv = 0x0000000009A12CA8,maxprocs = 4,MPI_INFO_NULL,root = 0,MPI_COMM_SELF,intercomm = 0x000000000A2FF8B0,errors = 0x00000000100E3C70)失败功能未实现

所以我怀疑我没有正确配置我的MPI环境.

Answer 1

试试这条线，...

> require(parallel) 
> nCores <- 8  # manually for non-cluster machines
> cl <- makeCluster(nCores) # by default this uses the PSOCK mechanism as in the SNOW package