numpy中1d到3d索引对应的有效算法

aph*_*aph 2 python arrays algorithm performance numpy

我正在尝试在 3d 单元格的常规网格和这些单元格的 1d 索引之间建立对应关系。所以我想要一种在整数(i, j, k)和整数cellnum 的三元组之间来回映射的方法。此映射的速度至关重要。

问题说明:

假设一个 3d 盒子的每个维度都被划分为num_divs 个单元格。然后,从 ( i, j, k ) 到单元格的唯一字典顺序索引的映射通过以下 numpy 索引技巧闪电般快速:

indexing_array = np.arange(num_divs**3).reshape((num_divs, num_divs, num_divs))
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例如,假设我们有以下数组存储Npts点的 x、y 和 z 单元格索引

Npts = 1e6
xidx = np.random.random_integers(0, num_divs-1, Npts)
yidx = np.random.random_integers(0, num_divs-1, Npts)
zidx = np.random.random_integers(0, num_divs-1, Npts)
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存储每个三元组的cellnum的数组可以通过以下方式非常有效地计算:

output_cellnum_array = indexing_array[xidx, yidx, zidx]
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所述output_cellnum_array是一个一维阵列NPTS点。每个值都是一个整数,存储每个 ( i, j, k ) 三元组的字典顺序。上面一行在我的笔记本电脑上只需要 40 毫秒,这是我对以下问题的目标基准:

题:

我怎样才能达到相同的速度向相反的方向前进?给定一维整数数组input_cellnum_array,如何以相当的速度计算数组xidx、yidx、zidx

非常缓慢的解决方案:

使用以下函数运行 for 循环会返回正确的结果,但对于我的应用程序来说太慢了几个数量级:

def reverse_indexer(single_cellnum, num_divs):
    i = single_cellnum/(num_divs*num_divs)
    remainder = single_cellnum - (num_divs*num_divs*i)
    j = remainder/num_divs
    remainder -= j*num_divs
    k = remainder % num_divs
    return i, j, k
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plo*_*ser 5

我认为您正在寻找numpy.unravel_indexnumpy.ravel_multi_index。而numpy.unravel_index将一维索引映射到多维索引,numpy.ravel_multi_index将多维索引转换为一维索引:

id_1d = np.arange(9)

# getting the indices of the multi-dimensional array
idx,idy,idz = np.unravel_index(id_1d,(3,3,3))

(idx,idy,idz)
(array([0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]),
 array([0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 2, 2]),
 array([0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 1, 2]))

# getting the 1d indecis
np.ravel_multi_index((idx,idy,idz),(3,3,3))
array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8])
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