您认为生物信息学的最佳语言是什么？

Question

我在生物信息学方面完成了一些研究工作,我使用了Matlab.Matlab有很多强大的工具,易于使用.我确实考虑过基因组测序和预测代谢途径.我想知道其他人认为最好的是什么？或者可能没有一种特定的语言,只有少数几种能够最好地利用生物信息学的工作,这种工作是数学上很重要并处理大量数据.

Answer 1

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• 哪个是生物信息学家最好的编程语言？

对于我们大多数生物信息学家来说,这包括Python,R,Perl和bash命令行实用程序(如sed,awk,cut,sort等).还有人用Java,Ruby,C++和Matlab编写代码.

那么底线呢？无论哪种语言都能让您轻松完成工作,这对您来说是正确的.回答这个问题应该包括仔细调查您可以从中获取的库和其他代码,以及有关您自己的偏好和经验的信息.如果您正在进行微阵列分析,那么很难击败R/bioconductor库,但对于那些争论大多数类型的大型测序数据集的人来说,这绝对是错误的语言.

Answer 2

生物信息学没有一种正确的语言.

• 重要的BLAST测序工具是用C++编写的

• 用于比对蛋白质结构的MATT工具用C语言编写

• 我的一些计算生物学同事使用Ruby.

总的来说,我看到很多C和C++用于性能关键代码和许多脚本语言.

Answer 3

Python + scipy很不错(也是免费的).

http://www.vetta.org/2008/05/scipy-the-embarrassing-way-to-code/

http://www.google.com/search?hl=en&source=hp&q=python+bioinformatics&aq=0&aqi=g9g-m1&aql=&oq=python+bio&gs_rfai=CeE1nPpMNTN2IJZ-yMZX6pcIKAAAAqgQFT9DLSgo

当放弃Matlab for SciPy时,你甚至不需要真正学习新的语法.