R使用簇绘制热图,但隐藏树状图

Question

默认情况下,R heatmap将集群行和列:

mtscaled = as.matrix(scale(mtcars))
heatmap(mtscaled, scale='none')

我可以禁用群集:

heatmap(mtscaled, Colv=NA, Rowv=NA, scale='none')

然后树形图消失了:

但现在数据不再聚集.

我不希望显示树形图,但我仍然希望对行和/或列进行聚类.我怎样才能做到这一点？

我想要的例子:

Answer 1

library(gplots)
heatmap.2(mtscaled,dendrogram='none', Rowv=TRUE, Colv=TRUE,trace='none')

Rowv -is TRUE,表示根据行平均值计算和重新排序树形图.

Colv - 列的处理方式应与行相同.

Answer 2

你可以用pheatmap做到这一点:

mtscaled <- as.matrix(scale(mtcars))
pheatmap::pheatmap(mtscaled, treeheight_row = 0, treeheight_col = 0)

请参见此处的pheatmap输出: