dplyr管道:总结中的复杂功能

Question

我使用以下代码从原始数据'pseudo'生成data.frame'df'.

> df<-pseudo %>% group_by(Drug, CLSI_interpretation) %>% 
      summarise(n = n()) %>% 
      filter(Drug %in% c('Cefepime', 'Ceftazidime', 'Piperacillin','Piperacillin/tazobactam','Imipenem','Meropenem','Doripenem','Ciprofloxacin','Levofloxacin','Gentamicin','Tobramycin','Amikacin')) %>% 
      mutate(freq = (n/sum(n)*100))

加上一个很长的mapvalues函数,可以从'Drug'创建'class'列.

到目前为止一切都好; 生成如下所示的数据集:

Drug         CLSI   n       freq        class
Amikacin        I   7213    4.25503047  Aminoglycosides
Amikacin        R   13995   8.25580915  Aminoglycosides
Amikacin        S   148309  87.48916038 Aminoglycosides
Cefepime        I   13326   8.87713502  Cephalosporins
Cefepime        R   9744    6.49098031  Cephalosporins  
Cefepime        S   127046  84.63188468 Cephalosporins
Ceftazidime     I   10836   5.98558290  Cephalosporins
Ceftazidime     R   15276   8.43814732  Cephalosporins
Ceftazidime     S   154923  85.57626978 Cephalosporins
Ciprofloxacin   I   8949    4.74295103  Fluoroquinolones
Ciprofloxacin   R   31563   16.72832309 Fluoroquinolones

我正在努力完成下一步.我需要通过'class'对这些数据进行分组,并且对于每个类总计%c中的CLSI%的'n'('I','R')并生成一个新频率......基本上,n(I + R) )/ n(I + R + S)和每个类的n(S)/ n(I + R + S).在计算汇总函数时遇到很多麻烦,因为我需要根据对另一个(CLSI)的引用来总结一个变量(n),并按第三个(类)进行分组.谢谢你的帮助.

Answer 1

显示完整的代码(包括读取数据)总是很好.看起来像是pseudo你的数据.%>%管道中项目的语法 与通常的R略有不同,因为第一个参数隐式地是管道内容.或者,简单地说:从您的通话中删除"伪".

library(dplyr)
pseudo = read.table("a.csv",header=TRUE)
pseudo <- pseudo %>%
  group_by(class, CLSI) %>% summarise(n= n())