使用RStudio编译RMarkdown:为什么阅读.RProfile?

A S*_*A S 6 r rstudio knitr

为什么RStudio在从.Rmd编译.HTML时会尝试读取我的.RProfile文件?

我的意思是,我按下"Knit HTML"按钮,然后它实际上尝试执行我所拥有的所有内容.RProfile,加载那里提到的每个库,然后尝试获取外部文件失败(我有一堆自编码函数.RProfile,像线source('/Users/me/.rstudio-desktop/lib/lib.stocks.R')

现在,我.RProfile在编译(编织)期间必须从主目录中移出,但可能应该有某种选择,或者什么?

将不胜感激任何建议:).


OS X 10.8.5,RStudio版本0.98.1091

Yih*_*Xie 6

这就是.Rprofile定义。当 R 启动时,它读取并执行这个文件。RStudio 启动一个新的 R 会话来编译 R Markdown 文档,并且 R 会话读取.Rprofile,除非您告诉 R 会话不要这样做(例如通过R --no-init-fileR --vanilla),但目前您无法真正控制 RStudio 启动 R 会话的方式。我认为if (interactive())@rawr 提到的是一个非常好的主意,也是我经常使用的(我希望我的非交互式 R 会话是“干净的”)。