如何在Python（不使用MedPy）或C中将*.mha文件转换为*.nii文件？

Question

我想*.mha处理Python. 但它需要MedPy依赖ITK包的包。我目前在安装ITK软件包时遇到问题。我在想是否有一种方法可以将*.mha文件转换为*.nii文件（可能使用其他方式C++），因为我可以使用它来Python读取*.nii文件。任何相关的指示都是非常受欢迎的。

Answer 1

您可以在 Python 中安装 SimpleITK 并使用它来进行转换。例如，

import SimpleITK as sitk

root_path = '/path/to/image'
nii_path = root_path + '/data.nii'
mha_path = root_path + '/data.mha'

img = sitk.ReadImage(nii_path)
sitk.WriteImage(img, mha_path)

Answer 2

解决此问题的另一种途径是安装 sci-kit 映像和 simpleitk。

这不需要从源代码构建或包装 ITK，并允许读取 MHA 文件和写入 NIFTI 格式。

pip install scikit-image 
pip install SimpleITK or easy_install -U SimpleITK

安装这些后，如果您运行以下代码，这应该可以工作

import skimage.io as io

path = 'C:/test.mha' #path to your MHA file
outpath = 'C:/test.nii'

img = io.imread(path,plugin='simpleitk')
io.imsave('outpath',img,plugin='simpleitk')