RStudio和Shiny在一个dockerfile中

Question

我正在寻找docker分发一个shiny也需要RStudio 的应用程序.主要目标是在Windows下的医院轻松安装.在非IT人员安装过程中,所有需要将字符输入黑盒子的东西肯定会失败.

我以前的尝试使用流浪汉,但单独安装流浪者证明是一个障碍.

该rocker资源库,有一个RStudio和光泽,并为自己的安装都一起工作.但是,我想创建一个组合的应用程序,以便于安装.

什么是推荐的工作流程？从RStudio开始,手动添加Shiny？或者从r-base开始合并两个Rockers的dockerfiles代码？或者使用撰写工具？

Answer 1

一般来说,Docker的意义在于隔离服务,以便在不影响其他服务的情况下更新/更改服务.我的建议是使用docker-compose,而不是.下面是一个示例docker-composeyaml文件,它使用Jason Wilder提供的令人难以置信的有用的docker-gen,在不同子域的同一服务器上同时提供rstudio和闪亮.下面使用的所有R docker图像均由Rocker或更直接的Rocker Docker Hub提供.这些都非常可靠,因为Dirk Eddelbeutel和Carl Boettiger制作了它们.在这个例子中,我还提供了一些RStudio选项,例如设置用户/通道以及用户是否具有root访问权限.有关使用此Wiki页面上提供的Rocker RStudio图像的更多说明:

更改以下内容:

• your_user到服务器上的用户名
• SOME_USER到您想要的RStudio用户名
• SOME_PASS到您想要的Rstudio密码
• *.DOMAIN.tld到您的域名,不要忘记为您的子域名添加A记录.

nginx1:
  image: nginx
  container_name: nginx
  ports:
  - "80:80"
  - "443:443"
  volumes:
    - /etc/nginx/conf.d
    - /etc/nginx/vhost.d
    - /usr/share/nginx/html
    - /home/your_user/services/volumes/proxy/certs:/etc/nginx/certs:ro

nginx-gen:
  links:
    - "nginx1"
  image: jwilder/docker-gen
  container_name: nginx-gen
  volumes:
    - /var/run/docker.sock:/tmp/docker.sock:ro
    - /home/your_user/services/volumes/proxy/templates/nginx.tmpl:/etc/docker-gen/templates/nginx.tmpl:ro
  volumes_from:
    - nginx1
  entrypoint: /usr/local/bin/docker-gen -notify-sighup nginx -watch -only-exposed -wait 5s:30s /etc/docker-gen/templates/nginx.tmpl /etc/nginx/conf.d/default.conf

rstudio:
  links:
    - "nginx1"
  image: rocker/hadleyverse
  container_name: rstudio
  ports:
    - "8787:8787"
  environment:
    - VIRTUAL_PORT=8787
    - ROOT=TRUE
    - VIRTUAL_HOST=rstudio.DOMAIN.tld
    - USER=SOME_USER
    - PASSWORD=SOME_PASS

shiny:
  links:
    - "nginx1"
  image: rocker/shiny
  container_name: shiny
  environment:
    - VIRTUAL_HOST=shiny.DOMAIN.tld
  volumes:
    - /home/your_user/services/volumes/shiny/apps:/srv/shiny-server/
    - /home/your_user/services/volumes/shiny/logs:/var/log/
    - /home/your_user/services/volumes/shiny/packages:/home/shiny/

例如,添加博客等更多服务是微不足道的,只需按照模式或在互联网上搜索docker-compose您的服务版本并添加即可.

Answer 2

有趣的问题，但我不确定我是否理解从同一容器提供闪亮服务器和 rstudio-server 实例的优势。

目的是让两个容器共享相同的 R 库（例如，不需要在每个容器上单独安装软件包）还是仅仅拥有一个 docker 容器而不是两个？只需运行两个 docker 命令而不是一个似乎并不那么繁重，但也许我低估了。

不过，共享底层库似乎是一个有效的目标，而且我认为目前还没有理想的解决方案。

我觉得最像 docker 的解决方案是通过您提到的容器编排/撰写工具来完成此操作。这是组合单独服务（例如 Web 服务器和数据库）的常用方法，而无需将一个服务构建在另一个服务之上。

不幸的是，基于映射卷的编排工具远没有映射端口那么发达。

想象一下将 rstudio 作为卷容器运行：

docker run --name rstudio -v /usr/local/lib/R/site.library rocker/rstudio true

（如果您想同时访问 RStudio，可以将其运行为：）

docker run --name rstudio -dP -v /usr/local/lib/R/site.library rocker/rstudio

然后，您可以使用 rstudio 容器中的 site.library 来代替闪亮容器上的 site.library，命令如下：

docker run --volumes-from rstudio -dP rocker/shiny

不幸的是，这会破坏容器site.library的结构shiny。要解决此问题，您需要将 rstudio 容器的库安装在不同的位置，但是没有像我们已经使用的端口链接那样的简单语法。不过这是可以做到的，请参阅：

如何使用 Docker 的 --volumes-from 映射卷路径？

在 rocker 仓库中也有一个关于这个问题的开放线程。