Python scipy/numpy中的相关性的层次聚类？

Question

如何在scipy/中的相关矩阵上运行层次聚类numpy？我有一个100行乘9列的矩阵,我想通过9个条件中每个条目的相关性进行分层聚类.我想使用1-pearson相关作为聚类的距离.假设我有一个包含100 x 9矩阵的numpy数组X,我该怎么做？

我尝试使用hcluster,基于这个例子:

Y=pdist(X, 'seuclidean')
Z=linkage(Y, 'single')
dendrogram(Z, color_threshold=0)

但是,pdist这不是我想要的,因为这是一个欧几里德距离.有任何想法吗？

谢谢.

Answer 1

只需将指标更改为correlation第一行即可:

Y=pdist(X, 'correlation')

但是,我相信代码可以简化为:

Z=linkage(X, 'single', 'correlation')
dendrogram(Z, color_threshold=0)

因为链接会为你处理pdist.