如何创建一个表作为 dunn.test 输出（R）？

Question

我正在处理细菌焦磷酸测序数据，并使用 R 进行统计分析。我有 21 个样本和 7 种不同的处理方法。我将数据加载到 R phyloseq 中，获得：

> psR
phyloseq-class experiment-level object
otu_table()   OTU Table:         [ 7498 taxa and 21 samples ]
sample_data() Sample Data:       [ 21 samples by 8 sample variables ]
tax_table()   Taxonomy Table:    [ 7498 taxa by 6 taxonomic ranks ]
phy_tree()    Phylogenetic Tree: [ 7498 tips and 7497 internal nodes ]

由于我发现处理之间（使用 adonis 函数）存在统计显着差异，因此我想知道哪些 OTU 在不同处理中具有不同的丰度。为此，我使用了 dunn.test 函数（包含 Kruskal-Wallis 测试），首先交换 OTU 表中的行和列以应用测试：

swap_otu_table <- t(otu_table(psR))
treatment <- c('A', 'A', 'A', 'B', 'B', 'B', 'C', 'C', 'C', 'D', 'D', 'D', 'E', 'E', 'E', 'F', 'F', 'F', 'G', 'G', 'G')
swap_otu_tableDF <- as.data.frame(swap_otu_table)
ncol(swap_otu_tableDF)
[1] 7498
lapply(swap_otu_tableDF[1:7498], function(x) kruskal.test(x ~ treatment,   data=swap_otu_tableDF))

该递归函数的输出非常难以阅读，尤其是对于所有 7498 OTU。

是否有某种方法以递归方式应用 Kruskal-Wallis + Dunn 检验，给出一个表作为输出，最好按重要性顺序，并且不仅包含 OTU 代码，还包含tax_table(psR) 中包含的分类标识？

非常感谢！

莉迪亚

Answer 1

这确实很旧，但我一直在寻找这个答案，并认为我会发布以防其他人稍后偶然发现这个问题。

dunn.test 有一个内置选项，可以将输出作为列表。这确实是您所需要的，因为您可以将其转换为 data.frame 并按列排序。

以下是执行此操作的一些示例代码：

table = dunn.test(X, g, list=TRUE)
table = cbind.data.frame(table$comparisons,table$Z,table$P.adjusted)
table[order(table$`table$P.adjusted`),]

Answer 2

请参阅dunn.test包。对于 Kruskal-Wallis 检验之后 Dunn 检验的表格输出，其中有两个不同的选项。从 1.3.0 开始，该软件包还包含一个将多重比较输出为列表的选项。