pandoc 和 rmarkdown：无法获取比 rmarkdown 文档高一级的图像

Question

我刚刚开始使用 rmarkdown、pandoc 和 knitr。我在尝试让 pandoc 获取比 rmarkdown 文档高一级的图像时遇到了很多困难。例如，考虑我们的项目目录是 ~/test，下面的 rmarkdown 位于 ~/test/scripts：

---
title: "test"
---

```{r global_options, include=FALSE}
library('knitr')
opts_knit$set(root.dir = '~/test')
```

![test](figures/test.svg)

然后我Rscript -e "rmarkdown::render('scripts/test.Rmd')"从 ~/test 目录运行命令。它给了我错误：

pandoc: Could not fetch figures/test.svg
figures/test.svg: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)

我本以为通过将 root.dir 设置为项目目录，pandoc 将获取与该目录相关的文件？但似乎“工作目录”总是设置为相对于 rmarkdown 文档所在的位置？任何帮助，将不胜感激。谢谢，

>sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_CA.UTF-8        LC_COLLATE=en_CA.UTF-8     LC_MONETARY=en_CA.UTF-8    LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] vimcom_1.0-0   setwidth_1.0-3 colorout_1.0-2

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.1.0`

Answer 1

Pandoc 不知道knitr的root.dir选项。您必须编写相对于当前工作目录的路径，例如../figures/test.svg. Rscript或者在目录下运行scripts。

如果您刚刚开始使用rmarkdown和knit，我强烈建议您不要使用该root.dir选项，除非您真正理解它的含义。这些目录可能真的非常棘手。