正确使用cbind的方法,rbind包中的s4类

Question

我已经使用S4类编写了一个包,并希望使用函数rbind,cbind和这些定义的类.

因为似乎不可能直接定义rbind和定义cbind为我定义的S4方法rbind2,cbind2而是:

setMethod("rbind2", signature(x="ClassA", y = "ANY"), 
    function(x, y) {
      # Do stuff ...
})

setMethod("cbind2", signature(x="ClassA", y = "ANY"), 
    function(x, y) {
      # Do stuff ...
})

从?cbind2我了解到,需要激活这些函数来methods:::bind_activation从base替换rbind和cbind.

我使用以下.onLoad函数将调用包含在包文件R/zzz.R中:

.onLoad <- function(...) {
  # Bind activation of cbind(2) and rbind(2) for S4 classes
  methods:::bind_activation(TRUE)
}

这按预期工作.但是,运行R CMD检查我现在得到以下注释,因为我在方法中使用了未导出的函数:

* checking dependencies in R code ... NOTE
Unexported object imported by a ':::' call: 'methods:::bind_activation'
  See the note in ?`:::` about the use of this operator.

如何摆脱NOTE以及为包中的S4类定义方法cbind和rbind的正确方法是什么？

Answer 1

我认为基本上 Matrix 包中的 cBind 帮助页面在历史上是准确的，但最近不是。这里有一个类

.A = setClass("A", representation(x="numeric"))

没有通用的，因此创建一个，根据 '...' 参数进行调度（请参阅?setMethod和?dotsMethods）

getGeneric("cbind")
## NULL
setGeneric("cbind", signature="...")
## Creating a new generic function for 'cbind' in the global environment

然后实现一个方法

setMethod("cbind", "A", function(..., deparse.level=1) "cbind,A-method")
## [1] "cbind"

最后使用它

> cbind(.A(), .A())
[1] "cbind,A-method"

只要“...”参数是相同的（可能是派生的）类就可以了，这通常就足够了。

> cbind(.A(), integer())
     [,1]
[1,] ?  

我相信这bind_activation()会产生全球性的影响，而不仅仅是对包裹的派送；应该避免它（例如，它不再在 Matrix 包中使用）。

另外，我认为这已经在 R-devel 中更新了

r67699 | 劳伦斯| 2015-02-01 10:13:23 -0800（2015 年 2 月 1 日星期日）| 4行

现在，当至少一个参数是 S4 对象且 S3 调度失败时，cbind/rbind 会递归委托给 cbind2 (rbind2)；还要在 *bind 函数中的 S3 分派期间考虑 S4 继承。