Enthought Python,Sage或其他(在Unix集群中)

Question

我有机会获得Unix机器的集群,但他们没有我需要的(软件numpy的,SciPy的,matplotlib等),所以我必须自己安装它们(我没有root权限,要么,所以命令喜欢apt-get或yast不工作).

在最坏的情况下,我将不得不从源代码编译它们.还有更好的方法吗？我听说过Enthought Python和Sage,但我不确定最好的方法是什么.

有什么建议？

Answer 1

EPD(Enthought Python Distribution)非常棒,但即使对于学者来说,也只能免费获得32位版本.如果你打算做任何公羊密集的事情,那不是一个真正的选择.

编辑:此后发生了变化,64位版本可免费用于学术/教育用途.

另一方面,英特尔MLK库确实有所作为,并且它有许多漂亮的东西(例如mayavi的最新版本)构建的东西,否则可能是从源构建的真正痛苦.此外,正如其他人所说,你可以将它解压缩到你的主文件夹并运行它.您不应该需要root访问权限.

如果你不需要使用超过2GB的内存,EPD是一个绝对不错的选择,但你需要付费才能获得64位版本.

如果你在Windows上,Python(x,y)很棒,但除此之外,祝你好运找到linux预建的二进制文件.它们或多或少不再存在...... ubuntu存储库似乎永久停机,我不知道在哪里可以获得预编译的tarball了.这可能会在不久的将来发生变化,但是......希望它确实如此,因为它对你来说是一个很好的选择!

老实说,如果你只需要numpy,scipy和matplotlib,它们相对容易从源码构建(特别是如果你可以在没有scipy的情况下离开),你总是可以构建自己的python解释器然后使用easy_install来避免必须从源代码构建它们.当然,这假设已经在你正在使用的机器上安装了一个基本的构建环境(gcc等)......无论如何,这就是我在你的情况下所做的事情......

如果你走这条路,最好下载python源代码并构建你自己的python解释器,你将用它来做所有事情.然后安装setuptools并easy_install其余部分.(或者,您可以下载numpy等的源代码,并为刚刚构建的python解释器构建和安装它们.)

这显示了如何在当前工作目录中名为"pythondist"的目录下构建基础知识(python,numpy,scipy,matplotlib,ipython)的基本思想.

#! /bin/sh

builddir=$(pwd)/pythondist
mkdir -p $builddir/source
cd $builddir/source

wget 'http://python.org/ftp/python/2.6.5/Python-2.6.5.tgz'
wget 'http://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-0.6c11.tar.gz#md5=7df2a529a074f613b509fb44feefe74e'
tar -xvzf Python-2.6.5.tgz

# Build python
cd $builddir/source/Python-2.6.5/

# The --prefix argument is the key!
./configure --prefix=$builddir

# Be sure to speed things up with the -j option if you're 
# on a multicore machine (e.g. make -j 4 build for a quadcore)
make build 
make install

# Now install setuptools
cd $builddir/source
tar -xvzf setuptools-0.6c11.tar.gz
cd setuptools-0.6c11/

# The next key is to call this with the python you just built!
$builddir/bin/python setup.py build
$builddir/bin/python setup.py install

# Now just install numpy, scipy, ipython, matplotlib, etc through easy_install
$builddir/bin/easy_install numpy
$builddir/bin/easy_install scipy
$builddir/bin/easy_install matplotlib
$builddir/bin/easy_install ipython

编辑:脚本中的小错字.如果numpy或scipy无法从蛋中正确安装,请参阅安装说明.

此脚本主要用于演示在您的主目录中构建一个独立的python,并假设您正在构建的系统已经安装了正确的依赖项,但它至少指向了正确的方向.

如果使用easy_install无法正确构建numpy或scipy,请下载源代码tarball并尝试使用不同的参数构建它们.(根据我的经验,Numpy/Scipy的setup.py自动检测错误的fortran编译器是常见的问题)例如

cd $builddir/source
wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.4.1/numpy-1.4.1.tar.gz/download
tar -xvzf numpy-1.4.1.tar.gz
cd numpy-1.4.1/
# If you don't specify an action (e.g. "build") this will enter an interactive
# mode to help diagnose problems... See the INSTALL.txt file, too!
$builddir/bin/python setup.py 

例如,在我的OpenSUSE 11.2系统上,我需要在构建numpy和scipy时指定"--fcompiler = gnu95",因为我安装了g77和gfortran.否则事情将无法正确构建.

但是,在较旧的RHEL 3系统上,它可以从easy_install完美地构建.YMMV,当然.祝好运!

Answer 2

如果您是学者,可以免费使用Enthought分发.它配有自己的安装程序并为您处理安装.这肯定比自己从头开始安装matplotlib等更容易.安装机器上不需要管理员访问权限,因为分发提供了自己的Python二进制文件.我用它,发现它简单方便.