Rmarkdown没有将系统命令的结果输出到html文件

Question

我是新手使用Markdown,并且在SO上寻找类似的问题而没有成功.我正在使用Rmarkdown(使用Rstudio和knitr)编写一个插图,描述数据文件中的读取,该数据文件是作为包的一部分导入的.我可以使用正确访问数据文件

> system.file("extdata", "Marlin-tag38606.txt", package = "xtractomatic")

我想在插图中显示此文件的前几行,所以我的代码会读取

```{r, results=as.is}

datafile <- system.file("extdata", "Marlin-tag38606.txt", package = "xtractomatic")

system(paste("head -n5 ",datafile))

```

问题是这个调用的结果输出到Rmarkdown控制台而不是输出到插图html文件.

RStudio的Rmarkdown窗口中的输出是(但格式更好):

 |...................                                              |  29%
label: unnamed-chunk-8
date    lon lat lowLon  higLon  lowLat  higLat
4/23/2003   203.899 19.664  203.899 203.899 19.664  19.664
4/24/2003   204.151 19.821  203.912597  204.389403  18.78051934 20.86148066
4/30/2003   203.919 20.351  203.6793669 204.1586331 18.79728188 21.90471812
5/1/2003    204.229 20.305  203.9943343 204.4636657 18.90440013 21.70559987
  |....................                                             |  31%

这是我想要输出到小插图文本的内容,但它不存在.在生成的插图中,我只有两行R代码,但不是系统调用的输出.任何意见,将不胜感激.谢谢.

卡拉威尔逊

Answer 1

使用intern = TRUE了system(),然后cat()输出:

cat(system(paste("head -n5", datafile), intern = TRUE), sep = '\n')