有没有办法在gnuplot中使用通配符？

Question

我有多个文件命名为以下示例:blast_ sample1 _454LargeContigs.fna.fas_vs_ NC_016593 _filter.txt

更改的部分是"sample#"(样本)和"NC_#"(参考),它们以粗体显示.每个参考文献有35个样本.我编写了以下命令,使用35个样本的数据生成参考NC_016593的绘图:

filename(n) = sprintf("blast_sample%d_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_016593_filter.txt", n)
plot for [i=01:35] filename(i) using 9:3:($10-$9):($3-$3) with vectors nohead

对于每个参考我想做一个情节,因此为此我想用通配符写一个通用命令.有没有办法直接在gnuplot中做到这一点？是否可以使用通配符仅修改"NC_#"部分(如shell脚本中的*,类似于NC_*)？

谢谢.

Answer 1

这在gnuplot中不可能直接实现.但是,您可以使用系统调用来获取要绘制的文件列表:

filelist=system("ls *.csv")
plot for [filename in filelist] filename using 1:2

因此,这是一个示例,为每个样本编号创建一个包含所有引用的绘图:

do for [i=1:35] { 
    cmd = sprintf("ls blast_sample%d_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_*_filter.txt", i)
    filelist=system(cmd)
    plot for [filename in filelist] filename using ...
}

如果您每个参考包含一个包含所有样本的绘图,则如果参考编号不是简单系列,则会变得更加困难.如果你想在一个大的情节中绘制所有东西,你可以使用

ls blast_sample*_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_*_filter.txt

(这是Linux.对于Windows,你需要dir \B ...)

编辑: 这个问题和答案差不多是三年了,我在评论中没有注意到其他问题,直到最近的评论出现.

目前尚不清楚输出名称的含义.文件名？每条曲线的标签？情节标题？

一般来说,你可以这样做

set terminal pdfcairo
do for [i=1:35] { 
    cmd = sprintf("ls blast_sample%d_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_*_filter.txt", i)
    filelist=system(cmd)
    set output sprintf("Sample_%d.pdf", i)

    title= sprintf("This is the title for plot %d", i)
    plot for [filename in filelist] filename using ... title sprintf("This data comes from %s", filename)
}
unset output

返回字符串的任何函数都可用于构建字符串.

虽然样本编号称为数字,但如果您希望使用它,则提取参考编号("NC"之后)会更加棘手.Gnuplot有一些基本的字符串函数,可能允许这样做.

如果参考编号始终具有相同的长度,我会使用substr(filename,strlen(filename)-a,strlen(filename)-b)与正确的价值观a,并b提取该号码.

如果没有,我将使用substr从参考编号开始的字符串(可以计算位置),然后搜索第一次出现的_使用strstrt,然后将字符串剪切到该位置.将此任务传递给外部命令行程序可能更容易.Linux cut可以轻松完成这项工作.