如何组织大型闪亮应用程序？

Question

组织更大的Shiny应用程序的最佳实践是什么？
我认为最好的R实践也适用于Shiny.
这里讨论最佳R实践:如何组织大型R程序
链接到谷歌的R风格指南:风格指南

但是,我可以采用什么样的Shiny上下文中的独特提示和技巧,使我的Shiny代码看起来更好(更具可读性)？我想的是:

• 利用Shiny中的面向对象编程
• 在server.R这部分应采购？
• 包含markdown文档,图片,xml和源文件的项目的文件层次结构

例如,如果我正在使用,navbarPage并且tabsetPanel在tabPanel添加几个UI元素后,我的每个代码都开始变得非常混乱.

示例代码:

server <- function(input, output) {

 #Here functions and outputs..

}

ui <- shinyUI(navbarPage("My Application",
  tabPanel("Component 1",
             sidebarLayout(
                sidebarPanel(
                    # UI elements..
                ),
                mainPanel(
                    tabsetPanel(
                        tabPanel("Plot", plotOutput("plot")
                                 # More UI elements..
                                 ), 
                        tabPanel("Summary", verbatimTextOutput("summary")
                                 # And some more...
                                 ), 
                        tabPanel("Table", tableOutput("table")
                                 # And...
                                 )
                    )
                )
    )           
  ),
  tabPanel("Component 2"),
  tabPanel("Component 3")
))

shinyApp(ui = ui, server = server)

为了组织ui.R代码,我从GitHub找到了非常好的解决方案:辐射代码
解决方案是renderUI用来渲染每个tabPanel和in server.R标签都来自不同的文件.

server <- function(input, output) {

  # This part can be in different source file for example component1.R
  ###################################
  output$component1 <- renderUI({
        sidebarLayout(
                sidebarPanel(
                ),
                mainPanel(
                    tabsetPanel(
                        tabPanel("Plot", plotOutput("plot")), 
                        tabPanel("Summary", verbatimTextOutput("summary")), 
                        tabPanel("Table", tableOutput("table"))
                    )
                )
    )
  })
 #####################################  

}
ui <- shinyUI(navbarPage("My Application",
  tabPanel("Component 1", uiOutput("component1")),
  tabPanel("Component 2"),
  tabPanel("Component 3")
))

shinyApp(ui = ui, server = server)

Answer 1

添加模块后,R闪亮.在闪亮的应用程序中管理复杂结构变得更加容易.

闪亮模块的详细说明:这里

使用模块的优点:

• 一旦创建,它们很容易被重用
• ID冲突更容易避免
• 基于模块输入和输出的代码组织

在基于选项卡的闪亮应用程序中,可以将一个选项卡视为一个具有输入和输出的模块.然后可以将选项卡的输出作为输入传递给其他选项卡.

基于标签的结构的单文件应用程序,它利用模块化思维.可以使用汽车数据集测试应用程序.从Joe Cheng(第一个链接)复制的部分代码.欢迎所有评论.

# Tab module
# This module creates new tab which renders dataTable

dataTabUI <- function(id, input, output) {
  # Create a namespace function using the provided id
  ns <- NS(id)

  tagList(sidebarLayout(sidebarPanel(input),

                        mainPanel(dataTableOutput(output))))

}

# Tab module
# This module creates new tab which renders plot
plotTabUI <- function(id, input, output) {
  # Create a namespace function using the provided id
  ns <- NS(id)

  tagList(sidebarLayout(sidebarPanel(input),

                        mainPanel(plotOutput(output))))

}

dataTab <- function(input, output, session) {
  # do nothing...
  # Should there be some logic?


}

# File input module
# This module takes as input csv file and outputs dataframe
# Module UI function
csvFileInput <- function(id, label = "CSV file") {
  # Create a namespace function using the provided id
  ns <- NS(id)

  tagList(
    fileInput(ns("file"), label),
    checkboxInput(ns("heading"), "Has heading"),
    selectInput(
      ns("quote"),
      "Quote",
      c(
        "None" = "",
        "Double quote" = "\"",
        "Single quote" = "'"
      )
    )
  )
}

# Module server function
csvFile <- function(input, output, session, stringsAsFactors) {
  # The selected file, if any
  userFile <- reactive({
    # If no file is selected, don't do anything
    validate(need(input$file, message = FALSE))
    input$file
  })

  # The user's data, parsed into a data frame
  dataframe <- reactive({
    read.csv(
      userFile()$datapath,
      header = input$heading,
      quote = input$quote,
      stringsAsFactors = stringsAsFactors
    )
  })

  # We can run observers in here if we want to
  observe({
    msg <- sprintf("File %s was uploaded", userFile()$name)
    cat(msg, "\n")
  })

  # Return the reactive that yields the data frame
  return(dataframe)
}
basicPlotUI <- function(id) {
  ns <- NS(id)
  uiOutput(ns("controls"))

}
# Functionality for dataselection for plot
# SelectInput is rendered dynamically based on data

basicPlot <- function(input, output, session, data) {
  output$controls <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(ns("col"), "Columns", names(data), multiple = TRUE)
  })
  return(reactive({
    validate(need(input$col, FALSE))
    data[, input$col]
  }))
}

##################################################################################
# Here starts main program. Lines above can be sourced: source("path-to-module.R")
##################################################################################

library(shiny)


ui <- shinyUI(navbarPage(
  "My Application",
  tabPanel("File upload", dataTabUI(
    "tab1",
    csvFileInput("datafile", "User data (.csv format)"),
    "table"
  )),
  tabPanel("Plot", plotTabUI(
    "tab2", basicPlotUI("plot1"), "plotOutput"
  ))

))


server <- function(input, output, session) {
  datafile <- callModule(csvFile, "datafile",
                         stringsAsFactors = FALSE)

  output$table <- renderDataTable({
    datafile()
  })

  plotData <- callModule(basicPlot, "plot1", datafile())

  output$plotOutput <- renderPlot({
    plot(plotData())
  })
}


shinyApp(ui, server)

Answer 2

我真的很喜欢Matt Leonawicz如何组织他的应用程序.我采用他的方法学习如何使用Shiny,因为我们都知道,如果管理不当,它会变得非常分散.看看他的结构,他概述了他在应用程序中组织应用程序的方式,名为run_alfresco

https://github.com/ua-snap/shiny-apps

Answer 3

我写了Radiant.我还没有听到人们说代码组织的坏事(但是)但我相信它会更好.一种选择是分离ui和逻辑,就像Joe Cheng在闪亮的部分中所做的那样.

https://github.com/jcheng5/shiny-partials

另一种可能是尝试OO编程,例如,使用R6 http://rpubs.com/wch/17459