下载所有发布的摘要

Question

有谁知道我如何轻松下载所有发表的文章摘要？我正在研究一个文本挖掘项目.

我能找到的最接近的一个可以在给定pmid的情况下一次下载一个摘要,但这对我来说太慢了,因为我必须一次下载一个.

Answer 1

您可以直接通过FTP从NLM获取所有数据.

https://www.nlm.nih.gov/databases/license/license.html

下载并远离工作而无需担心电子工具.

Answer 2

搜索"0000/01/01"[PDAT] : "3000/12/31"[PDAT]应该从一开始就为您提供每篇文章.

也许搜索结果正上方显示的"发送到"功能可让您下载所有内容.

或者,您可以编写脚本并使用NCBI中的Entrez编程实用程序.

您可以使用ESearch执行搜索查询,该查询将返回所有PMID.然后,您可以使用EFetch返回所有数据.本书/手册对此进行了解释:http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/

第3章包含一些可以帮助您入门的示例脚本:http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25498/#chapter3

您将获得包含摘要和所有其他数据的xml文件.

2500万个XML文件......