fread(data.table)选择列,如果找不到列则抛出错误

Question

我正在使用data.table的fread函数将csvfile加载到R中.它有一堆我不需要的列,所以select参数派上用场.但是,我注意到,如果在csvfile中不存在select中指定的列之一,则fread将以静默方式继续.如果csvfile中不存在所选列之一,是否可以使R抛出错误？

#csvfile has "col1" "col2" "col3" "col4" etc

colsToKeep <- c("col1", "col2" "missing")

data <- fread(csvfile, header=TRUE, select=colsToKeep, verbose=TRUE)

在上面的例子中,data将有两列:col1,col2.其余列将按预期删除,但会missing被静默跳过.如果知道fread正在跳过该列,那肯定会很好,因为它没有找到它.

Answer 1

我建议先抢先解析第一行,然后抛出你自己的错误.你可以这样做:

read_cols <- function(file_name, colsToKeep) {
    header <- fread(file_name, nrows = 1, header = FALSE)
    all_in_header <- all(colsToKeep %chin% unlist(header))
    stopifnot(all_in_header)

    fread(file_name, header=TRUE, select=colsToKeep, verbose=TRUE)
}

my_data <- read_cols(csvfile, c("col1", "col2" "missing"))