如何将两个RMarkdown(.Rmd)文件合并为一个输出？

Question

我在同一个文件夹中有两个文件:chapter1.Rmd和chapter2.Rmd,其中包含以下内容:

chapter1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

chapter2.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

我如何编织这些以便它们组合成单个pdf输出？

当然,render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")工作完美,但render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")没有.

我为什么要这样做？将巨型文档分解为逻辑文件.

我已经使用@hadley的bookdown软件包从.Rmd构建乳胶,但这对于这个特殊的任务来说似乎有些过分.有没有使用knitr/pandoc/linux命令行的简单解决方案我不见了？谢谢.

Answer 1

2018年8月更新:这个答案是在bookdown出现之前写的,这是一种更有效的方法来编写基于Rmarkdown的书籍.查看@ Mikey-Harper 答案中的最小小册子示例!

当我想将一个大型报告分成单独的Rmd时,我通常会创建一个父Rmd并将这些章节作为子项包含在内.这种方法很容易让新用户理解,如果你包含一个目录(toc),很容易在章节之间导航.

report.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

chapter1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

chapter2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

建立

rmarkdown::render('report.Rmd')

哪个产生:

如果您想快速创建子文档的块:

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

Answer 2

我建议人们使用bookdown软件包从多个R Markdown文件创建报告.它增加了许多有用的功能,如交叉引用,这对于较长的文档非常有用.

调整@Eric中的示例,这是预订设置的最小示例.主要细节是必须调用主文件index.Rmd,并且必须包含额外的YAML行site: bookdown::bookdown_site:

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd:

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd:

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

如果我们编织index.Rmd bookdown将按字母顺序合并同一目录中的所有文件(可以使用额外_bookdown.yml文件更改此行为).

一旦您熟悉了这个基本设置,就可以使用其他配置文件(即_bookdown.yml和)来轻松自定义bookdown文档和输出格式_output.yml

进一步阅读

• R Markdown:权威指南:第11章概述了预订
• 使用bookdown创作书籍可提供有关预订的综合指南,并建议您提供更多高级详细信息.

Answer 3

这对我有用：

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

想象一下，有一个更好的解决方案，并且在 rmarkdown 或 knitr 包中有这样的东西会很好。