这是在熊猫队中分组的最快方式吗？

Question

以下代码运行良好.只是检查:我正在使用和正确计时Pandas并且有更快的方法吗？谢谢.

$ python3
Python 3.4.0 (default, Apr 11 2014, 13:05:11) 
[GCC 4.8.2] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pandas as pd
>>> import numpy as np
>>> import timeit
>>> pd.__version__
'0.14.1'

def randChar(f, numGrp, N) :
   things = [f%x for x in range(numGrp)]
   return [things[x] for x in np.random.choice(numGrp, N)]

def randFloat(numGrp, N) :
   things = [round(100*np.random.random(),4) for x in range(numGrp)]
   return [things[x] for x in np.random.choice(numGrp, N)]

N=int(1e8)
K=100
DF = pd.DataFrame({
  'id1' : randChar("id%03d", K, N),       # large groups (char)
  'id2' : randChar("id%03d", K, N),       # large groups (char)
  'id3' : randChar("id%010d", N//K, N),   # small groups (char)
  'id4' : np.random.choice(K, N),         # large groups (int)
  'id5' : np.random.choice(K, N),         # large groups (int)
  'id6' : np.random.choice(N//K, N),      # small groups (int)            
  'v1' :  np.random.choice(5, N),         # int in range [1,5]
  'v2' :  np.random.choice(5, N),         # int in range [1,5]
  'v3' :  randFloat(100,N)                # numeric e.g. 23.5749
})

现在计时5个不同的分组,每次重复两次以确认时间.[我意识到timeit(2)运行了两次,但随后报告总数.我对第一次和第二次运行的时间分别感兴趣.]根据htop这些测试,Python使用大约10G的RAM .

>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id1']).agg({'v1':'sum'})"                            ,"from __main__ import DF").timeit(1)
5.604133386000285
>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id1']).agg({'v1':'sum'})"                            ,"from __main__ import DF").timeit(1)
5.505057081000359

>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id1','id2']).agg({'v1':'sum'})"                      ,"from __main__ import DF").timeit(1)
14.232032927000091
>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id1','id2']).agg({'v1':'sum'})"                      ,"from __main__ import DF").timeit(1)
14.242601240999647

>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id3']).agg({'v1':'sum', 'v3':'mean'})"               ,"from __main__ import DF").timeit(1)
22.87025260900009
>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id3']).agg({'v1':'sum', 'v3':'mean'})"               ,"from __main__ import DF").timeit(1)
22.393589012999655

>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id4']).agg({'v1':'mean', 'v2':'mean', 'v3':'mean'})" ,"from __main__ import DF").timeit(1)
2.9725865330001398
>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id4']).agg({'v1':'mean', 'v2':'mean', 'v3':'mean'})" ,"from __main__ import DF").timeit(1)
2.9683854739996605

>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id6']).agg({'v1':'sum', 'v2':'sum', 'v3':'sum'})"    ,"from __main__ import DF").timeit(1)
12.776488024999708
>>> timeit.Timer("DF.groupby(['id6']).agg({'v1':'sum', 'v2':'sum', 'v3':'sum'})"    ,"from __main__ import DF").timeit(1)
13.558292575999076

这是系统信息:

$ lscpu
Architecture:          x86_64
CPU op-mode(s):        32-bit, 64-bit
Byte Order:            Little Endian
CPU(s):                32
On-line CPU(s) list:   0-31
Thread(s) per core:    2
Core(s) per socket:    8
Socket(s):             2
NUMA node(s):          2
Vendor ID:             GenuineIntel
CPU family:            6
Model:                 62
Stepping:              4
CPU MHz:               2500.048
BogoMIPS:              5066.38
Hypervisor vendor:     Xen
Virtualization type:   full
L1d cache:             32K
L1i cache:             32K
L2 cache:              256K
L3 cache:              25600K
NUMA node0 CPU(s):     0-7,16-23
NUMA node1 CPU(s):     8-15,24-31

$ free -h
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:          240G        74G       166G       372K        33M       550M
-/+ buffers/cache:        73G       166G
Swap:           0B         0B         0B

我不相信它是相关的,但为了以防万一,randChar上面的函数是一个内存错误的解决方法mtrand.RandomState.choice:

如何解决mtrand.RandomState.choice中的内存错误？

Answer 1

如果您想安装 iPython shell，您可以使用 %timeit 轻松地为代码计时。安装后，python您无需键入来启动 python 解释器，而是键入ipython.

然后，您可以像在普通解释器中输入代码一样准确地输入代码（如上面所做的那样）。

然后您可以输入，例如：

%timeit DF.groupby(['id1']).agg({'v1':'sum'})

这将完成与您所做的完全相同的事情，但如果您经常使用 python，我发现这将为您节省大量的打字时间:)。

Ipython 还有很多其他不错的功能（例如%paste，我用来粘贴到您的代码中并对其进行测试，或者%run运行您保存在文件中的脚本）、制表符补全等。 http://ipython.org/