如何阻止R离开僵尸进程

Question

这是一个可重复的例子:

library(doMC)
library(doParallel)
registerDoMC(4)
    timing <- system.time( fitall <- foreach(i=1:1000, .combine = "c") %dopar% {
                print(i)
            })

我启动R并查看进程表:

> system("ps -efl")
F S UID        PID  PPID  C PRI  NI ADDR SZ WCHAN  STIME TTY          TIME CMD
4 S chbr         1     0  5  80   0 - 21399 wait   10:58 ?        00:00:00 /usr/local/lib/R/bin/exec/R --no-save --no-restore
0 S chbr         9     1  0  80   0 -  1113 wait   10:58 ?        00:00:00 sh -c ps -efl
0 R chbr        10     9  0  80   0 -  4294 -      10:58 ?        00:00:00 ps -efl

如果我使用前面提到的简单循环doMC或doParallel留下僵尸进程.ps -efl运行循环后的输出:

> system("ps -efl")
F S UID        PID  PPID  C PRI  NI ADDR SZ WCHAN  STIME TTY          TIME CMD
4 S chbr         1     0  4  80   0 - 25256 wait   11:00 ?        00:00:00 /usr/local/lib/R/b
1 Z chbr        10     1  0  80   0 -     0 exit   11:00 ?        00:00:00 [R] <defunct>
0 S chbr        12     1  0  80   0 -  1113 wait   11:00 ?        00:00:00 sh -c ps -efl
0 R chbr        13    12  0  80   0 -  4294 -      11:00 ?        00:00:00 ps -efl

如果我重复循环而不再发出registerDoMC(4),则不会创建额外的僵尸进程.但是,如果我发出registerDoMC(4)一个额外的僵尸进程,则会创建:

> system("ps -efl")
F S UID        PID  PPID  C PRI  NI ADDR SZ WCHAN  STIME TTY          TIME CMD
4 S chbr         1     0  0  80   0 - 25554 wait   11:00 ?        00:00:01 /usr/local/lib/R/b
1 Z chbr        21     1  0  80   0 -     0 exit   11:02 ?        00:00:00 [R] <defunct>
1 Z chbr        22     1  0  80   0 -     0 exit   11:02 ?        00:00:00 [R] <defunct>
0 S chbr        26     1  0  80   0 -  1113 wait   11:03 ?        00:00:00 sh -c ps -efl
0 R chbr        27    26  0  80   0 -  4294 -      11:03 ?        00:00:00 ps -efl

这就是我认为它可能doMC是做不应该做的事情的方式.如果doMC导致这种情况有办法阻止doMC僵尸进程落后吗？(stopCluster()不起作用,因为首先没有创建集群.)

> sessionInfo()
R Under development (unstable) (2014-08-16 r66404)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_IE.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_IE.UTF-8        LC_COLLATE=en_IE.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_IE.UTF-8    LC_MESSAGES=en_IE.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_IE.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_IE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] doParallel_1.0.8 doMC_1.3.3       iterators_1.0.7  foreach_1.4.2   

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8 compiler_3.2.0

Answer 1

这实际上与 foreach 或 doMC 无关；正如 Steve Weston 在回答其他 StackOverflow 查询时指出的那样，doMC 本质上只是 mclapply 的包装器，您可以看到通过简单调用 mclapply 创建的僵尸进程：

library(parallel)
mclapply(rep(5,4), rnorm)

在我的系统上，这留下了两个僵尸进程：

[richcalaway@richcalaway-pc ~]$ ps -efl | grep defunct
1 Z 1660945517 28701 28624  0 77  0 -     0 exit   12:00 pts/1    00:00:00 [R] <defunct>
1 Z 1660945517 28702 28624  0 78  0 -     0 exit   12:00 pts/1    00:00:00 [R] <defunct>
0 S 1660945517 28704 28308  0 78  0 - 15306 pipe_w 12:00 pts/2    00:00:00 grep defunct

正常情况下，这些僵尸进程不会造成任何麻烦，并且它们会在 R 会话结束时消失。您可以通过使用 doParallel 和 fork 集群而不是使用 doMC 来避免它们。

干杯，

里奇·卡拉威

首席项目经理

革命分析