R-如何在行情图中添加线条和文字？

Question

我pheatmap()使用以下代码使用该函数创建热图：

library(pheatmap)
pheatmap((data_matrix[,1:11]), cluster_rows = F, cluster_cols = F, scale="none",
     show_rownames=F, treeheight_row = F, 
     color=colorRampPalette(rev(c("red","white")))(50),
     main="values", cex.main=1.2)

我想在某些位置添加文字和线条以表示组和百分比。

abline()并且text()不工作，过度绘图我到目前为止还没有成功。

最好的方法是什么？

谢谢菲利普

Answer 1

您可以使用display_numbers中的选项pheatmap。例如，

library(pheatmap)

a <- matrix(rnorm(90), 9, 10)
txt <- matrix(sample(letters, replace = TRUE, 90), 9, 10)
pheatmap(a, cluster_rows = F, cluster_cols = F, display_numbers = txt)

结果图：带文本的 pheatmap

Answer 2

如果查看该pheatmap函数的源代码，您会发现，在对数据进行了一些摆弄之后，它将调用该heatmap_motor函数。

看着这个功能（它不是出口，所以你必须键入pheatmap:::heatmap_motor看它的源代码），你会看到它使用功能从grid包绘制热图，因此使用abline或text将无法正常工作，但grid.abline还是grid.text会！

例如（请注意，坐标是通过反复试验过程找到的）：

library(pheatmap)
library(grid)

a <- matrix(rnorm(100), 10, 10)
pheatmap(a, cluster_rows = F, cluster_cols = F)

grid.text(1:100, x=rep(seq(0.05, 0.91, length.out=10), 10), 
          y=rep(seq(0, 1, 0.1)+0.05, each=10))