从仅包含0或仅包含0的数据框中删除行

Question

我正在尝试在R中创建一个函数,它允许我根据行是否包含一个零的单个列来过滤我的数据集.此外,有时我只想删除所有列中为零的行.

而且,这是它变得有趣的地方; 并非所有列都包含数字,列数可能会有所不同.

我试图将我的一些数据粘贴到我想要获得的结果中.

unfiltered:
    ID  GeneName    DU145small  DU145total  PC3small    PC3total
    1   MIR22HG     33221.5     1224.55     2156.43     573.315
    2   MIRLET7E    87566.1     7737.99     25039.3     16415.6
    3   MIR612      0           0           530.068     0
    4   MIR218-1    0           0           1166.88     701.253
    5   MIR181B2    70723.2     3958.01     6209.85     1399.34
    6   MIR218-2    0           0           0           0
    7   MIR10B      787.516     330.556     0           20336.4
    8   MIR3176     0           0           0           0

any rows with containing a zero removed:
    ID  GeneName    DU145small  DU145total  PC3small    PC3total
    1   MIR22HG     33221.5     1224.55     2156.43     573.315
    2   MIRLET7E    87566.1     7737.99     25039.3     16415.6
    5   MIR181B2    70723.2     3958.01     6209.85     1399.34

only rows that is all zero is filtered away:
    ID  GeneName    DU145small  DU145total  PC3small    PC3total
    1   MIR22HG     33221.5     1224.55     2156.43     573.315
    2   MIRLET7E    87566.1     7737.99     25039.3     16415.6
    3   MIR612      0           0           530.068     0
    4   MIR218-1    0           0           1166.88     701.253
    5   MIR181B2    70723.2     3958.01     6209.85     1399.34
    7   MIR10B      787.516     330.556     0           20336.4

我确实找到了一种方法来删除任何至少有1个零的行,但是通过用NA交换所有零然后使用complete.cases进行过滤来"欺骗".

此外,通过这样做,它将删除其中GeneName包含零的所有行(对于MIR10B).

我可以通过使用for循环解决它,但我被告知R中的循环非常无效,因此希望避免该解决方案.

编辑:虽然Xin Yin的解决方案运行良好并且将数据保存在数据框架中,但David Arenburg的答案应该更有效并且应该被使用.

Answer 1

使用data.table(假设df是您的数据集)

library(data.table)
setDT(df)[, .SD[!all(.SD[, -1, with = F] == 0)], by = GeneName]

#    GeneName ID DU145small DU145total  PC3small  PC3total
# 1:  MIR22HG  1  33221.500   1224.550  2156.430   573.315
# 2: MIRLET7E  2  87566.100   7737.990 25039.300 16415.600
# 3:   MIR612  3      0.000      0.000   530.068     0.000
# 4: MIR218-1  4      0.000      0.000  1166.880   701.253
# 5: MIR181B2  5  70723.200   3958.010  6209.850  1399.340
# 6:   MIR10B  7    787.516    330.556     0.000 20336.400

或者,如果您只想删除任何零的行

setDT(df)[, .SD[!any(.SD[, -1, with = F] == 0)], by = GeneName]

#    GeneName ID DU145small DU145total PC3small  PC3total
# 1:  MIR22HG  1    33221.5    1224.55  2156.43   573.315
# 2: MIRLET7E  2    87566.1    7737.99 25039.30 16415.600
# 3: MIR181B2  5    70723.2    3958.01  6209.85  1399.340

Answer 2

删除任意零的行:

df[!rowSums(df[-c(1:2)] == 0) >= 1,]

删除全零的行:

df[!!rowSums(abs(df[-c(1:2)])),]

灵感来自这个问题