从CRAN镜像安装具有依赖关系的本地R包

Question

我已经构建了一个R包,即我有mypackage.tar.gz文件.此程序包依赖于其他几个程序包,所有程序包均可从任何CRAN镜像下载和安装.

现在我想在尚未安装依赖项的系统上安装此软件包,并且我希望在安装软件包时自动下载和安装依赖项.

我试过了:

install.packages("mypackage.tar.gz",type="source",dependencies=TRUE,repos="http://a.cran.mirror")

但它mypackage.tar.gz在镜像上搜索(显然它没有找到),而如果我repos=NULL正确设置它尝试安装本地包文件(如文档所示),但显然它没有找到依赖包.

所以我的问题是:有没有办法执行'混合'安装(具有在线依赖的本地包)或唯一的方法是手动安装所有依赖项？

Answer 1

你可以使用installdevtools包.只要运行install("<directory of your package>", dependencies = TRUE).它的帮助说明:

使用R CMD INSTALL安装软件包.如果尚未安装,还会尝试从CRAN安装软件包的依赖项.

Answer 2

如果您已经安装了本地软件包,则应该能够在工具中使用几个函数来安装CRAN的依赖项:

library('tools')
installFoundDepends(pkgDepends('mypackage', local = FALSE)$Found)

注意:您可以将args(like repos)传递installFoundDepends给install.packages.

您还可以使用输出中的Depends元素pkgDepends直接传递给install.packages:

install.packages(pkgDepends('mypackage')$Depends)

更新:显然无法安装本地软件包dependencies=FALSE.这看起来很奇怪,因为您可以从存储库中为远程包执行此操作.原因(查看源代码)是if(is.null(repos) & missing(contriburl)),安装是通过系统调用来处理的R CMD INSTALL,它没有依赖于相关的参数.

Answer 3

在这里，我使用untar()withdevtools::install()并传入一个已提取源 tarball 的目录。

d <- tempdir()
untar("mypackage.tar.gz", compressed="gzip", exdir=d)
devtools::install(file.path(d, "mypackage"), dependencies=TRUE,
                  repos="https://cloud.r-project.org/")

如果要从多个存储库安装，可以提供它们的列表。例如，要同时使用Bioconductor和 CRAN，您可以运行：

 devtools::install(file.path(d, "mypackage"), dependencies=TRUE,
                   repos=BiocManager::repositories())

注意：我不知道如何将 tarball 直接传递给install()，但此解决方案在此期间有效并且不会造成混乱，因为我们提取到临时目录。似乎install_local()应该可以使用 tarball，但是在尝试这样做时出现错误。